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臺灣史 -- 鄭氏王朝
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(續前)
信如父命及清諭，猶且兩難。而以父所傳之諭若此。乃抄到部院劉清泰 所賚之敕若彼。前後之言，自相剌謬。夫沿海地方，我所固有者也。東西洋餉，我所自生自殖者也。進戰退守，綽綽有餘，其肯以坐享者，反而受制於人乎？且以閩粵諭之，利害明甚，何清朝莫有識者？蓋閩粵，海邊也，離京師數千餘里，道路阻遠，人馬疲敝，兼之水土不諳，死亡殆盡，兵寡則難守，兵多則勢必召集。加集則糧食必至於難支，兵食不支，則地方必不可守，虛耗錢糧而爭不可守之土，此有害而無利者也。如父在本朝時，坐鎮閩粵，山海寧謐，朝廷不費一矢之勞。餉兵之外，尚有解京。朝廷享其利，而百姓受其福，此有利而無害者也，清廷不能效本朝之妙算，而勞師遠圖，年年空費無益之貲，將何以善其後乎？
其或者將三省之虛名，前啗父者，今轉而啗兒，兒非不信父言，而實有難信父言者。劉清泰果能承當，實以三省地方相畀，則山海無竊發之虞，清朝無南顧之憂，彼誠厚幸。至于餉兵而外，亦當使清朝享其利，不亦愈於勞師遠圖，空費帑金萬萬者乎？況時下我兵數十萬，勢亦難散，散之者各自嘯聚，地方不寧，聚之者師旅繁多，日費巨萬。若無省會地方錢糧，是真如前者啗父故智也。父既誤於前，兒豈復再誤於後？兒在本朝，亦既賜姓矣，稱藩矣，人臣之位已極，豈復有加者乎？況兒功名之念素淡。若復作馮婦。更非本心也。可為智者道耳。不然，懸烏有之空名，蒙已然之實禍，而人心思奮，江南亦難久安也。耑稟」
促使清廷安排和議其主要原因是，在一六五二年鄭成功進兵長泰、詔安、和平、海澄，圍攻漳州等地，清軍受挫。 同時永曆帝在西南由李定國（請參閱ｐ11註）此時亦出兵楚粵，攻克藍田、武崗、寶慶、桂林。斬定南王孔有德、定遠大將軍尼堪等。一時鄭成功與李國定二軍向滿清夾擊，在此情況下，滿人就以「和議」、「招撫」 的手段，來處理這無勝算的戰爭。
清廷是迫鄭芝龍寫信給鄭成功，並以海澄公的爵位、及給靖海將軍敕印、又有泉、漳、惠、潮四府之地為餌。 鄭成功早看出滿人之技倆。因念及父子之情無法全絕，於是拖拖拉拉一年多的時間，希望其父能重返福建，至少藉此機會，暫延其父之生命，同時對自已也有喘息的時間。
但一另方面這個和議使成功分派幹員前赴閩南各地，徵收糧餉。但也耽誤了鄭成功南下勤王的時間。
當然和議無成，所以鄭芝龍就入獄，即從一六四六年投清才不到八年即打入監牢。
鄭成功的死亡
有人落井下石指控鄭芝龍與鄭成功之間尚有往來，叛將黃梧力促殺芝龍，因不殺芝龍則成功之心不死，諸將投清之心不堅。在一六五七年叛將黃梧在三月二十三日即向清廷要求「…鄭成功恃其父芝龍在京，欺誑招撫，藉以登岸派嚮。故惡首在芝龍，必先斷絕芝龍，使之音問不通，則成功只海上匹夫爾…請密奏剪除芝龍，以絕盜根」。
一六六一年滿清蘇克薩藉口鄭芝龍家人伊大器告發為理由，十月三日將鄭芝龍與其子世忠、世恩、世蔭、世默，弟鄭芝豹 共十一人一起被屠殺。 如此看來鄭芝龍根本就沒看到閩粵總督之印就命喪北京。
同時清廷派兵部尚書蘇納海到閩，會同黃梧將鄭成功各祖墓掘開，破壞鄭氏祖先的風水，用以打擊鄭氏王朝。凡是可以找到的鄭氏祖墳，全部都掘出，拋露骸骨。用大木鋸開兩片，鑿屍穿孔，用鐵箍箍上，外加封皮，沿途遞解，逢郡縣收獄，一如囚犯極盡虐待處理。
一六六二年正月成功得知父芝龍凶訊，望北而哭：「若聽兒言，何至殺身；然得以苟延至今者，亦不幸之幸也！」令文武官員各掛孝。 後又傳來毀墓，向西切齒而罵曰：「生者有怨，死者何仇？敢如此結不共戴！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝屍，枉作人間大丈夫！」
鄭芝龍生有七子 ，長子成功，二子世恩、三子世忠、四子世蔭、五子世渡、六子世襲、七子世永 ，後四子是恩夫人嶺氏所生。一六六一年九月鄭芝龍與二子世恩、三子世忠、五子世渡、七子世永，一家十一口在北京被滿清處死 。 消息傳來，鄭成功叱為妄傳，但到夜半時卻悲泣，此後即鬱悒，剌激極深。
永曆帝在緬甸被執，送到昆明，吳三桂士兵驚見其面如滿月，鬢長過膝，日角龍顏，十分俊偉，多人欲擁為帝。吳三桂大驚誅四十餘人，並將永曆帝父子，絞於昆明市郊，時一六六二年四月二十六日，年四十。 依據慣例應改元，但鄭成功卻說：「皇上西狩，存亡未卜，何忍改元」，此後在東寧王朝的年號全依舊使永曆直到亡國。
六月二十三日（陰曆五月八日），成功朝服帆帶，命左右扶上點將台，持千里鏡暸望海上，問及有否船隻從廈門來，對殺鄭經的執行關心。回床後，飲了幾杯悶酒，讀太祖皇帝的後訓，淚如雨下，長嘆：「自國家飄零以來，枕戈泣血十有七年，進退無據，罪案日增，今又屏絕荒，遽損人事，忠孝兩虧，死不瞑目！天乎天乎！何使孤臣至於此極也！」說完，雙手掩面而逝，左右報其弟鄭世襲及黃安、馬信等，馬信取紅緞蓋之。然後通知各文武，祭奠舉哀，計享年僅三十九。父死、君亡、子不孝、臣抗命，氣憤而死。屈指統眾共計一十六載。
鄭成功在一六六二年六月十六日（五月一日）得病，二十三日（五月八日）病亡。其間僅隔七日，一位中年壯男何以如此。有幾個重要因素在此陳述
一． 鄭經亂倫，加上將領不遵命，極度氣憤而薨。
二． 病中得知永曆帝及太子在昆明被吳三桂絞殺於市的凶訊，使病情加劇。
三． 是台灣的自然環境，蚊蠅瘧疾橫行。所以有人推斷為患瘧疾而亡。也有認為是死於肝病。
四． 另有一說為發狂自殺。
在清代官書記載：「…成功父子相惡。成功欲殺錦（鄭經），遣人捕繫之。錦稱兵以拒，成功恚 甚，得狂疾，索從人佩劍自斫其面而死。」
又靖南王耿繼茂之報告中云：「海逆鄭成功，因其子鄭錦（鄭經）為各偽鎮所擁立，統兵抗拒。鄭成功不勝忿怒，驟發顛狂，於五月八日，嚙指身死。」
這位被荷蘭人及外國史學家稱呼為「偉大的國姓爺」其重要理由是畢生尊循「漢賊不兩立，至死不降敵」，這個條件下，雖至親至父子亦不破壞。
南征菲律賓（呂宋）
在一六○三年（明萬曆三十一年）呂宋華人二萬三千餘人遭受屠殺，又在一六三九年（明崇禎十二年）再次集體屠殺華人，明朝政府均視若無睹，任人宰割，也無力問罪。 鄭成功對在呂宋的西班牙人不滿，計劃遣使招降，如予拒絕，即派兵略取。 當時在呂宋的漢人有數十萬人，人數並不比台灣少，所以在一六六二年派使多明我會（Dominn kus）羅馬神父李科羅（Victorio Riccio）為代表，（李科羅在一六五四年自馬尼拉航抵廈門，蒙鄭成功特准，建立教堂，舉行公開禮拜。）攜有鄭成功對呂宋總督（Mararique de Lara）國書一份，威嚇呂宋當局，意要出兵協助呂宋華人。
「大明總統使國姓爺寄馬尼拉總督曼利克。特。喇喇之宣諭：
承天命而立之君，萬邦咸宜效順朝貢，此古今不易之理也。可惡荷夷不知天則，竟敢虐我百姓，劫奪商船形同盜賊，本當早勒水師討伐。然仰體天朝柔遠之仁，故屢寄諭示期彼悔罪退過，而彼等遇頑成性，執迷不悟，邀予震怒，遂於辛丑四月率水師親討，兵抵台灣捕殺不計其數，荷夷奔逃無路脫衣乞降，頃刻之間，城池庫藏盡歸我有，倘彼等早知負罪屈服，豈有如此之禍哉。
你小國與荷夷無別，凌迫我商船，開爭亂之基。予今平定台灣，擁精兵數十萬，戰艦千艘，原擬率師親伐。況自台至你國，水路近捷，朝發夕至；惟念你等邇來稍有悔意，遣使前來乞商貿易條款，是則較之荷夷已不可等視，決意姑赦爾等之罪，暫留師台灣，先遣神甫奉致宣諭。倘爾及早醒悟，年俯首來朝納貢，則交由神甫履命，予當示恩於爾，赦你舊罰，保你王位威嚴，並命我商民至爾邦貿易；倘或你仍一味狡詐，則我艦立至，凡你城池庫藏與金寶立焚無遺，彼時悔莫及矣。荷夷可為前車之鑑，而此時神甫亦無庸返台，福禍利害惟擇其一，幸望慎思速決，毋遲延而後悔，此諭。
永曆十六年三月七日 國姓爺」
西班牙人見到國書（五月五日，陰曆三月十八日）後大驚，立即以施以集體屠殺在呂宋的華人，數以萬計。 事後西班牙人怕鄭成功攻擊，乃命使者隨李科羅來台灣乞和。 鄭成功知華人遭到集體屠殺後，大怒即時決定遣兵南征呂宋，但竟一病而歿，再來就是鄭氏王朝內的王位爭奪，無力攻菲。又滿清入主中國，向來無海權觀念，同時也視漢人為外人，決無加以援手之理，如此無人繼承鄭成功維護海外華人權益的遺志。在呂宋的華人又一次的遭受大規模集體屠殺。
鄭經亂倫
鄭經 乳名錦，又稱錦舍，鄭成功長子，（生於一六四二年《明崇禎十五年》十月初二，卒於一六八一年）。
一六六二年鄭經十九歲時生下一男，取名鄭克，消息從廈門傳到台灣，鄭成功在年三十九即做了祖父，十分高興，隨賞金、廈將領等幣帛，及其妻董氏金六錠，子經金四錠，花紅四疋，陳氏金二錠，花紅二疋，孫亦有賞賜。可是鄭經之正室為尚書唐顯悅之孫女，寫信鄭成功說道：「三父八母，乳母亦居其一，令郎狎而生子，不聞斥責，反加齎賞，此治家不正，安能治國」。說明此新生子乃是鄭經與其四弟鄭睿之乳母陳氏昭娘私通所生。
鄭成功得知此亂倫之事後，大怒命黃昱持令箭往思明（廈門），諭知鄭泰，使監斬世子鄭經、及陳氏母子、並斬鄭經之母董夫人教子不嚴之罪。 鄭泰、洪旭等接令後大驚，不知如何處理，斬世子鄭經及鄭成功的妻子，如何下得了手，同時鄭泰持更遠的看法是，若依命斬之，將來若鄭成功反悔則自己未來不堪設想。因此網開一面，僅殺陳女復命。
鄭成功遠在台灣氣憤難消又感到羞辱，再度下令，務必斬世子、其母。並又令在南澳的周全斌率兵入思明執行，眾所週知鄭成功軍令如山，洪旭等大駭。此時諸將以鄭泰馬首是瞻，因與鄭經有伯姪戚情，又鄭泰之地位若除去世子鄭經外，則僅次于鄭成功，隨後得知成功有疾，因此將斬世子之命令以「此亂命 也，不可從」，雖然世子不可拒父，諸將臣，不可拒君，然而鄭泰與藩主是兄弟，而兄可以拒弟。所以鄭泰仍不遵命監斬，刀下留情將鄭經放過，並調兵守大膽，計誘周全斌，將周全斌拘禁。鄭成功聞諸將拒命，大怒。 此時突傳來鄭成功病亡，因此鄭經之命得以苟存。
鄭經的王位繼承爭奪
鄭成功猝死（五月）對王位的傳遞有很明確的將傳位給他的弟弟鄭世襲，另一方面可以確定的是，決對不會給他親生的兒子鄭經。 在靖海志中說：「成功病卒於台灣，遺命：『子經不肖，不堪負荷，文武各官俾輔幼弟為台灣王』。提督馬信、鎮將黃昭等宣遺命，以弟鄭世襲護理大將軍印。」 所以在台灣的蕭拱宸、黃昭等的支持鄭世襲為暫為護理，執行職權，以便鎮攝成為「東都王」。
此時在廈門的鄭經也自行宣佈繼承王位，稱「世藩」，並抬出明朝宗室寧靖王朱術桂（請參閱ｐ77）為號召，儼然以正統自居，布告各島，而後舉喪。 六月二日並派遣曾經到過台灣，與荷人爭戰，智勇兼備的周全斌，為五軍都督，（周全斌當時是被鄭經因亂倫案中受鄭成功之命欲來擒鄭經，不果，囚於獄中），陳永華為諮議參軍，馮錫範為侍衛，整兵準備東征台灣鄭世襲。
清總督李率泰也得知成功去世，叔侄爭位，良機也，正欲出兵來襲。於是與三藩之一的靖南王耿繼茂等商議（七月），結論是派出都司李振華，林忠前往廈門與鄭經會談，告知「朝廷（清）以誠信待人，若釋疑，遵制削髮登岸，自當厚爵加封招撫之。」這種又以官爵的騙術，鄭經早已洞察，因此就藉此實施反騙術之騙術。 八月鄭經派楊來嘉、吳蔭攜所獲清朝各州縣大印共十五顆，前往與李率泰談判。又向清要求如朝鮮例免薙髮，如此公文旅行，鄭經獲得機會出兵台灣的時間。但是耿繼茂與李率泰也非省油燈，他們也運用這次和談將鄭氏中的大將要員如鄭泰、洪旭、黃廷等用反間計。將十五顆大印由楊來嘉攜回，又運用楊來嘉本來即是鄭泰（請參閱p35）部屬的身份，因此將楊來嘉的身份改稱為是鄭泰、洪旭、黃廷的特使，又放話「鄭泰、洪旭、黃廷等將密獻金、廈兩島」，使鄭氏內部自相猜疑，然後剿撫兼用。此計在後來鄭經誘殺鄭泰（請參閱ｐ35）中奏效。
因慮及清軍來襲，故至一六六二年十月才將大批部隊開往台灣奪取王位。鄭經同周全斌出兵東征台灣。軍隊到達澎湖後，鄭經即欲立即攻向台灣，此時陳永華建議：「宜先禮後兵，故先通知，再出兵未遲。」，鄭經即令禮官鄭斌 持諭先行到台灣佈達：「不日世藩將親統六師抵台奔喪，如各鎮分屯守土者，就在本處設位…」這個告示使得大多數的將領保持中立觀望。但蕭拱宸、黃昭等堅決反對，不能讓一位被鄭成功判為死囚的人來繼承。
可惜鄭世襲過去的地位遠不如鄭經，人際關係，軍隊的掌握等更是差大一截，又是突然受命為王位繼承人，來不及準備部署，即面對著曾經是世子的鄭經挾強大武力。
鄭經方面周全斌設定只有蕭拱宸、黃昭二將為敵，其他將領是被脅迫，因此廣為宣傳，罪在此二人。這場王位繼承很快就將黃昭身中流矢而亡，入安平鎮收殺李應清、蕭拱宸、曹從龍等，並不殺鄭世襲，如此完成了王位爭奪。
一六六三年（永曆十七年、康熙二年）正月十一日鄭經率眾返回廈門，同時也將鄭世襲帶回廈門。台灣方面的防務則將安平由統領顏望忠鎮守，其他所有承天府及南北二路兵馬軍務，悉委黃安以勇衛身份提調之。
鄭世襲到廈門後見鄭泰被殺，金廈失守（請參閱ｐ39），於一六六三年十一月率文武官二百二十四員，水陸兵一百二十名及家口船隻、盔甲，軍備，向清投降。 此時也是鄭經失去大陸（請參閱p39）之時。
誘殺鄭泰
投清之施琅、黃梧、靖南王耿繼茂等及滿清主子見鄭氏王朝短時間內無法以武力來擊敗，所以採取離間計分化鄭氏內部。乘鄭經爭奪嗣位時，捏造鄭泰欲據金門、廈門，並協助鄭世襲取得鄭成功所遺下的王位。鄭泰為謠言所苦。
鄭泰乃鄭成功的從兄弟，同為鄭氏十二世，一六六三年正月十一日鄭經從台灣帶大隊舟師，會同周全斌、陳永華、馮錫範等回到廈門。各島守將皆來迎接，惟駐守在金門的鄭經的伯父鄭泰稱病不到。
此時鄭經又獲得鄭泰與在台灣擁立鄭世襲為王位的黃昭往來的書信。信中鄭泰提及「擁世襲，拒鄭經，金門、廈門自會處理」等字語。 鄭經得此書信秘而不宣，這封信不知真偽，有可能是真的，因鄭經的亂倫不孝，王位自然不能由應該被處斬的人出任，鄭成功的其他弟弟除一位在日本外，其他三弟世恩、四弟世蔭、六弟世永皆在北京與父一起被清斬首，在此情形下則海上鄭氏惟鄭泰可以為主，因此致信黃昌，令他擁世襲拒鄭經。但也有其他可能是因鄭成功二次下令殺鄭經而諸將不從，因此謠傳「藩主（鄭成功）將盡誅諸將」及「藩主有密令至南澳周全斌，如不監斬鄭經，將及於監斬諸將」，一致引起全體將領一致抗命，但此時各將領對難免在暗中鄙視鄭經。這都是滿清求之不得的製造分裂的絕好機會。
三月傳聞海澄有將領將要投靠滿清，鄭經率軍，消息傳來，鄭泰認為鄭經不是去處理海澄而是針對自己而來，所以將家屬全部移住船上，並離開金門島以免波及。於是有人向鄭泰建議乾脆向鄭經說明原委解除雙方緊張，但鄭泰認為只有自救，不能以兵相向。又有人提議向滿清投降，鄭泰說：「先太師（鄭芝龍）業已誤矣！泰豈再誤乎？」
隨後鄭經並沒有去海澄，鄭泰也將家眷搬回金門。 鄭經得知鄭泰舉家在船的情形，心中愈是惶惑。
鄭經對捕殺鄭泰的方式是，設計明封鄭泰為「金廈總制」並刻印，又說明鄭經將到台灣主政。在六月由禮官鄭斌、慶官吳慎交給鄭泰，並且說明：「先王新闢台灣，甫一載即遭凶變，今雖底定，無人調度為憂，意決東行台灣。金、廈諸島擬交由鄭泰總制，以反清」。 這樣欲將金門廈門都交到鄭泰，鄭泰心中的疑慮雖接印，但並不敢往廈門向鄭經致謝。 隔數日鄭經的頭批人員乘船，載黃安、楊祥、劉國軒等眷口開往台灣。 鄭泰之弟鄭鳴駿得知其兄受封為「金廈總制」，故到金門要求鄭泰應到廈門致謝，鄭鳴駿不知其兄之處境，卻說：「骨肉至親，受托土地重責…」力勸其兄廈門之行。
另一方面鄭泰也自恃對鄭經有救命之恩，因此于一六六三年六月六日接受鄭經的邀宴帶兵船及十萬餉銀到廈門晉見鄭經。席間洪旭、周全斌、陳永華等亦不知情，談笑風生，但鄭經取出鄭泰與黃昭往來的書信質詢時，眾人才知是鴻門宴。不容鄭泰的辯白，交洪旭囚於一室，鄭泰自縊身死 。周全斌率兵將鄭泰的來船全數扣住，但獨獨有蔡璋一船逃回金門。
逃回金門的蔡璋將此消息報告後，一時恐周全斌的來襲。鄭泰之弟鄭鳴駿、鄭泰之子鄭纘緒等與忠靖伯陳煇、左武衛楊富、右武衛何義、左鎮陳平、右鎮黃鎬、後鎮林宗珍、水師一鎮洪陞、二鎮蔡璋、三鎮曾和、四鎮吳泗、五鎮張治、參軍蔡鳴雷等率二、三百隻船、精兵八千人內含三百鐵人，及文武官員數百人齊赴泉州向滿人投降。
此事造成鄭氏的分裂，元氣大傷。究其原因是鄭經獲得一封由鄭泰所書的「擁襲拒經」的信件，此信未辨真假，就殺鄭泰。又設計誘騙至廈門後，也不容鄭泰的辯白，再來就算是真的也不應殺鄭泰，概時間已過半年，當時各為其主。況且鄭泰有救命大恩。
後人猜測此信乃是耿繼茂所設下之圈套也，崇武守將楊來嘉（請參閱ｐ34）降清，楊來嘉本來就是鄭泰的人，又與黃梧有舊情，所以此信有可能是楊來嘉以鄭泰之名致書黃昭，囑其擁襲拒經，造成鄭經與鄭泰兩敗俱傷，而清坐收漁利。若從鄭經的立場來思考，他聽到「鄭泰、洪旭、黃廷等將密獻金、廈兩島」（請參閱ｐ34）的謠傳，是決定殺之，其他的書信也不用求証，如此以絕後患。
又鄭泰是極精明的生意人，本身有百萬資產，在金門除了自有五千名軍力外尚有船隻。鄭經對鄭泰的懷疑置於內心，也不求証，若是事實，應以防清兵來襲為名，派出巡邏艦隊監視往來泉州、漳州之水上要道，而實際上是在防止鄭泰部隊的帶槍投靠。 鄭經是以派船到海澄取糧，派周全斌到海澄，如此讓在金門的鄭泰有感鄭經對自己之不信任並欲來襲。
諸將心中不得不產生「至親且無辜遭戮，非親者豈不隨時為魚肉」，執殺鄭泰造成鄭成功十餘年來，苦心經營的大陸基地全失。
鄭泰另一弟，都督鄭賡率官兵三百十五名，家屬三百四十二名，亦降清。
鄭泰的日本存銀
鄭泰與鄭成功之關係應是堂兄弟，非同父，但同祖。鄭芝龍時期鄭泰是管家，十八歲那年，已乘鄭芝龍之貿易船訪日本長崎。芝龍見其伶俐而有心計，隨授之以官。至鄭成功時，見其善理財，進行北伐打南京時，授為戶官，掌管東西洋貿易，兼掌鄭氏「山」、「海」五大商（請參閱p51），凡兵糧銀米出入均鄭泰所管。山五商（請參閱讀p51）分為金、木、水、火、土的五行，總部設在杭州，收購各地特產全都送往廈門。海五商分為仁、義、禮、智、信五行，總部設在廈門，海五商專門將各地來廈門的貨運銷海外。五商是出超的，因五商以收購出口物質為主，銷售進口物資僅佔其營業中的小部份，主要由於洋船回航時很少有回程貨，因此直接將銷售所得的銀兩攜回或是寄存在日本。鄭氏船隊又除本身擁有龐大的運輸能力外及又有堅強保護的海上武力。
即是在是將中國的產品外銷，又購進外國產品銷中國，獲得極大的利益。這些利益大到使鄭氏的軍餉能自給自足，又使鄭氏軍隊擁有最先進的武器裝備。
戶官即今日的財政部長之職，但鄭泰個人也有相當的財力，又掌控部份兵權。深得鄭氏二代的信任，在鄭成功東征台灣時，即把思明（廈門）這個大本營及沿海基地的留守交由鄭泰、洪旭。 一六六○年達索（請參閱ｐ24）進攻思明之役，鄭泰配合鄭成功軍大破之。他是鄭芝龍、鄭成功父子三十餘年間對日貿易的實際負責人。在日本朝野有相當多的朋友。
在鄭成功北伐失敗後，鄭泰對國家失去信心，將資金匯到海外，以備萬一。資金匯出是從一六六○年末開始，共寄存在日本長崎唐通事 辦事處。共計三十萬七千三十二兩三錢四分（丁銀三千七十貫三百二十三匆四分）。此事鄭氏父子（鄭成功、鄭經）均不知，直到鄭泰被殺後才在他的帳冊中細查，發現庫藏短缺甚多，應是鄭泰之弟鄭鳴駿、子鄭纘緒投清時一併竊走，但同時發現了尚有這筆為數達三十萬兩銀寄存在日本的記錄。
對這筆龐大的資金，鄭經從一六六三年（永曆十七年、清康熙二年、日寬文三年）開始向日方要求歸還，派蔡政以協理刑官的身份，持公函前往日本訟理。但鄭泰家屬由鄭鳴駿的代表龔淳、林賢二人，持有存銀勘合 ，也向日本作同樣的歸還要求。
鄭經方面在七月十一日也就是在鄭泰死後一個月，以書面向日本提出存銀歸還之訴訟，七月二十九日公文由協理刑官蔡政送達。其內容為述明鄭泰在鄭氏一族內之地位職分，在鄭成功死後對鄭經企圖謀逆，又欲降清。他恐罪難逃而自殺。後抄其家，得知尚有從事貿易剩銀寄存長崎，今派協理刑官蔡政，領受歸還，以作復興明朝戰事之資。
鄭泰之弟鄭鳴駿亦在七月二十一日提出取款要求，其大意是：先謝兄鄭泰與日本通好多年，因國內戰亂故將與日貿易利銀之盈餘寄存長崎通事，自鄭成功死後，其子鄭經橫暴至極，欲奪兄泰之財產，因而誘捕鄭泰並使其自殺。掠奪其全部財產，因之自已逃出，與族人歸服清朝。請日本當局本著信義公平處理，懇請准鄭泰自殺前派遣日本之龔二娘（龔淳）暫留日本，將存銀在來年領回。
日本長崎受理雙方訴訟後，宣告對任何一方均不歸還，而其理由是：「鄭泰是鄭氏王國之戶官，若是公辦之貿易利銀，則當然屬於王國主權者鄭經，若是鄭泰之私營貿易利銀，則不待言是屬於鄭泰遺族。然而僅憑雙方所提出之提訴理由是不能決定。因此，要求雙方提出足以表明此存銀之根本所有權者之充分証據物件，並令各派遣足以說明其主張之責任者。」
一六六四年鄭經派副審理洪有鼎再度赴日，提出鄭經書簡，同年鄭鳴駿的代表鄭熊官、洪末舍來長崎致書奉行及唐通事。六月鄭泰之子鄭纘緒亦來長崎，告知日人其叔鄭鳴駿已身亡。
一六六四年二月鄭經之快官船自長崎歸國途中，當時鄭經業已失去大陸，船員等之家眷均在滿清統治下之泉州，不願至台灣東寧王國，因此蔡政被強行帶到泉州。在泉州的鄭鳴駿設館禮遇，而蔡政設法脫逃出清國至東寧。鄭經大喜，命為協理禮官。因蔡政回到東寧是七月，所以五月鄭經派出之使節是洪有鼎。
此後在一六六五年、一六六六年也各派人員至長崎。一六六六年鄭泰之子鄭纘緒于六月病亡在泉州，所以改由鄭纘緒之子鄭修典及鄭鳴駿之子鄭纘成為中心，繼續向日本要求歸還存銀。一六六九年鄭修典及鄭纘成被清政府強制率族人移居北京，而代表龔淳、林七官在福州。鄭修典之離開泉州據地，因而其勢力明顯衰退。
雙方經過多年往返的交涉，在一六七四年日本宣告判決，此鄭泰存銀，以龔淳為原寄存人且持有勘合為由，決定將交還給鄭泰遺族。但此時在中國發生三藩抗清戰爭，鄭經藉此反攻大陸，人心感奮，過去的鄭將今又反正歸來，如楊來嘉、洪福、萬祿、楊富等紛紛舉兵響應，而施亥、施齊、黃芳度等也反正歸來。此時在北京的鄭泰遺屬，受盡滿人控制，行動並不能自主，因而也產生再歸屬鄭經，故命龔淳前往廈門拜會鄭經，以日本存銀勘合呈獻為條件，申請投降。鄭經允准。
一六七五年（永曆二十九年、清康熙十四年、日延寶三年）六月，鄭經同樣派遣龔淳、黃熊官，由東寧船渡航前往日本，取回存銀。 自一六六三年在於日本之三十萬銀圓，日本幕府混開支銷，只領回銀二十六萬。其中因有在寬文三年三月之火災有玖千玖佰兩銀被火燒熔成塊銀，被火燒黑銀玖萬伍千玖百柒拾兩，原封無燒丁銀貳千參百陸拾柒兩陸錢陸分。
此事件共十二年間。東寧遣使計前後四次，鄭泰方面有六次。
鄭經失去大陸
鄭泰之被誘殺，鄭泰之弟鄭鳴駿、子鄭纘緒率大批軍隊投向滿清，如此鄭經在金、廈之海上實力損失過半。滿清方面無端得到強壯的水師，如此時機成熟，組織龐大海陸軍團向鄭氏進，由李率泰、及靖南王耿繼茂領軍。此時清廷重施故技，以漢治漢的方法，根本不須滿人操刀，只將投降的漢人組成，不需增兵即可對金門、廈門開戰。
況且又有荷蘭人不甘失去台灣，來向滿清聯合除鄭氏。 從巴達維亞（今雅加達）派遣大船十六隻，兵二千六百人合兵一齊向鄭經所佔的金門、廈門攻佔。
一六六三年（永曆十七年、清康熙二年）十月滿清以陸路提督馬得功與鄭鳴駿三百多艘戰艦出泉州港，水師提督施琅與黃梧出海門港，靖南王耿繼茂與荷蘭人渡海聯合再度進攻金、廈。
在此大軍壓境之際，鄭方由內地（因滿清已實行遷界令，設立界限，故曰內地）諜報偵知紅毛人（荷蘭）入福州港與滿清合軍，提督馬得功之坐船為「澄清海宇」，鄭鳴駿之船為「雄鎮金湯」。
鄭經事先調查敵軍行動，規劃若破了泉州之師，則由海澄各港之軍會各自退回。以先前鄭成功大破達索清軍的方式，是將廈門人員物質遷走，所以這次再度將廈門的人員撤出。陳永華、馮錫範二人保護董夫人並諸宗室、鄉紳及提鎮兵民眷船，都停泊在浯嶼。
鄭經與洪旭、王秀奇率舟師在大擔、烈嶼觀敵、接應。周全斌以二十隻炮船（ 船），以其機智、勇敢，獨自周旋於紅毛人之大船間，荷蘭人之甲板船發砲，無一打中。 在海戰中周全斌見到船尾書有「雄鎮金湯」認定是叛將鄭鳴駿，全力攻擊，那知船上將領業已改為是滿清主將馬得功（請參閱ｐ10），因馬得功將原屬鄭鳴駿較大的坐船據為己用。在周全斌的強攻下，恐遭擒，馬得功投海而死。並擊潰此時雖有鄭成功所訓練出來，由鄭鳴駿投降時攜到清方的三百名鐵人部隊。
在海上戰爭上鄭方是勝利者，但是鄭方不知敵方將領馬得功死亡，而守在陸路之陳昇向黃梧投降，施琅、黃梧二降清將領得以進攻廈門，一六六三年十一月十八日，又黃廷怯戰，以致金門、廈門再度失守。耿繼茂率清軍屠城、焚屋棄地而回。 鄭經放棄根據地金廈之後，退守銅山（漳州沿岸一小島）。原本在金廈舊將殘兵、官員紳士無船可渡海者，各尋生路，逃遁始盡。
一六六四年（永曆十八年、康熙三年）正月援剿右鎮林順與施琅過去有私交，施琅見鄭經在金廈大失人心，故向其招降。於是林順原帶領全鎮投降。二月又有守南澳左鎮杜輝率官兵二千一百九十八名及大小戰艦六十二艘，向清投降。鄭芝豹生母黃氏亦率子姪眷屬赴閩投降。 一時風聲鶴唳，諸將多思叛鄭。
此時鄭經駐銅山，諸軍乏糧，洪旭建議應遷至台灣，於是鄭經下令陳永華、馮錫範護眷先行。一六六四年（永曆十八年、康熙三年）四月一日（農曆三月四日）令周全斌、黃廷二人斷後，寧靖王、瀘溪王、魯王世子、巴東王諸宗室等同鄉紳王忠孝、辜朝薦、沈佺期、郭貞一、盧若騰、李茂春等全員退至台灣。惟馮澄世（請參閱ｐ20）船至東碇海（金門東南海中）外，僕劫其船，馮澄世入水溺斃。
而周全斌此時思及鄭經非明主，獨木難撐，以前曾被鄭經拘禁過，又加上與洪旭、黃廷有隙，若到台灣後將受害，這個因素為叛將黃梧得知，所以黃梧利用爵祿向周全斌引誘，周全斌最後向滿清的李率泰投降。同時黃廷因台灣新闢，水土不服之因，亦在銅山率眾降清。
如此由鄭成功所建立在大陸的基業在死後不到二年即在鄭經的手上全部失去。自鄭成功死後明鄭人員降清計有文武官員三千九百八十五員，食糧兵四萬九百六十二人，歸農兵民六萬四千二百三十名，總數兵將及眷口計十七萬人，船隻九百餘艘。明鄭宿將叛亡泰半。
鄭經一行到澎湖後，洪旭認為澎湖乃是台灣的門戶，是北從日本、遼東、浙江，南至廣東、交趾、暹羅必經之路，不可不置兵。鄭經同意，並在媽宮（馬公）設立營壘，煙墩、砲台等令薛進思、戴捷、林陞等以四個月為期，輪派守之。
施琅第一次攻台
滿清也是充分運用鄭成功所培養出來的武力，尤其是滿人所沒有的水師。利用施琅、黃梧、鄭鳴駿、鄭纘緒、周全斌、黃廷、林順等降兵降將，組成水師，由施琅領軍，積極準備攻台。
荷蘭人迫切要清廷履行合兵攻鄭氏王朝的約定，幫助荷人取回台灣，清方對約定拖延，而荷艦於十月在浙江時遭受颱風，船沈多隻兵力大損，而不再言攻台。
台灣灣方面鄭經即令洪旭抽調各鎮在屯墾的兵三成來拒敵，又撥勇衛、侍衛、合原駐守在澎湖的戴捷、薛進思、林陞、林應等舟師禦敵。三月顏望忠至澎湖，在媽宮屯設大營。
一六六五年（永曆十九年、康熙四年）四月十五日施琅將大隊船艦出銅山，夜三更即達清水墘（澎湖港），但卻遇上颱風，天亮後各軍四處漂散，失船隨少，但損壞極多。所以攻台不成，回師海澄修整船隻。
次年一六六六年六月謠傳施琅又要來攻，在洪旭的努力下，興造船隻、武器，不忘備戰，一時尚安。 但清廷感到勞師耗費頗巨，乃召回施琅至北京，打入冷宮，滿清此時對攻台灣毫無意願，所以栽撤水師提督，燒燬戰艦，又將投降的鄭氏官兵，次弟分配到各省墾荒，對台灣這荒島不願將其佔領，也不再投入軍力，從此台海平靜近十餘年。
施琅屢次上書請攻台灣，而清廷無意征戰，一六六八年調施琅至北京為內大臣，失去兵權的施琅此時潦倒不堪，甚至靠妻妾變賣飾物，做女紅維持家計。
台灣的經營
鄭成功在一六六一年攻入台灣，五月先攻佔赤崁城（Provintia，今之赤崁樓），即改赤崁為東都明京為承天府，總名「東都」，並頒佈諭告：「東都明京，開國立家，可為萬世不拔基業」，設一府二縣。 十二月（陰曆）攻陷熱蘭遮城Zeelandia後承天府即遷入大員城改稱安平鎮 。 二縣，即天興縣（在今嘉義一帶）即荷人所設置的北路，其範圍北至雞籠，但實際治轄諸羅，設縣治于開化里（今佳里）。另一縣為萬年縣（鳳山一帶）為荷人所稱的南路，範圍達瑯喬（恒春），但實際管轄鳳山高雄，縣治設於二贊行（仁德）。另設一司為澎湖安撫司。
以楊朝棟 為承天府尹，莊文烈為天興縣知縣事，以祝敬為萬年縣知縣事。當時荷人尚有熱蘭遮城尚在荷人手中，但史上記載一六六一年（永曆十五年）四月二十四日「藩（即鄭成功）以台灣（熱蘭遮城）弧城無援，攻打未免殺傷，圍困俟其自降。隨將各鎮分派汎地屯墾。」所以努力開發台灣，僅派一部份軍隊圍城，其他投入生產。
這糧食問題是久困鄭軍，當鄭軍攻台前舟船抵達澎湖時，即已缺糧。在澎湖時努力搜括，找到的各種雜糧也不過能使軍隊渡過一餐而已。到台灣後原本以為如何斌所言「糧米不竭」，但實際上台灣雖有餘糧輸出，但要應付大軍的長期供應是不足的。
一六六一年五月二日，二程官兵到達台灣，六月即令分配各地開墾。所栽培的植物，基本上是承荷蘭人的農產品，即是稻米及甘蔗為大宗。但較重視稻米。
西方人的紀載是：「…在十月繼續圍攻期間，日夜沒有停止放他們的大砲，在另一方面，很多的勞工，不絕地在耕種士地，一若他們已經變成為地主。並且在城未陷之先。漢人就已享受到其耕種的生產物，因為驕傲的海盜，在其來到台灣時，就已很有自信，在他所率領的五百隻舢板船中，已攜有很多的犁、種子和開墾所要的其他物品，並有從事耕種的勞工。」
為解決勞動力，鄭氏施行兵農合一。 所以下令將士的眷屬送台，又招納流亡。 將將士的眷屬送台有許多好處，一是增加生產力，再來眷屬在台將士不至離散，無形中也防止投清。
在田地的處理方式，是士地官有制，將接收荷蘭人的士地和所開拓好的土地分為三類。
一． 王田 從荷蘭人接手的王田改稱為「官田」
二． 私田 名為私田，但非民所有，乃是由鄭氏宗族、文武官員的招募佃農耕作的私有田地。此種田稅賦特輕。又稱文武官田。
三． 營盤田 由軍隊所開拓的。
鄭氏的屯墾，目的是在寓兵於農，而有廢兵，此時作了件令後代台灣人讚美的事，即由軍隊和民間開拓者並肩推刪，雙管齊下，拓成了縱貫台灣西部平野各處開拓據點。
從台南附近的曾文溪及二層行溪開始，建設大規模的公爺陂，王有潭、甘棠潭等水利灌溉系統。陂即埤，是水利建設，凡築堤瀦水灌田，謂之陂。不用築堤，疏鑿溪迫，引以灌田，稱之為圳。潭為聚水之處。明鄭時期所鑿之陂、潭，遺留至清初時仍有二十多處。
南路的開拓由打狗（今高雄）擴至左營一帶的下淡水溪下游鳳山及打狗一帶，如大湖陂、三鎮陂、中衝陂、北領旗陂、左營陂、赤山陂、烏樹陂、三爺陂、仁武陂。又有一支從車城登陸而延至瑯橋等地。
北路的開拓群分為
１． 從大坵田（蚊港、魍港）登陸，擴展至麻豆、昔苳、新營、諸羅（嘉義）、鹽水港等。
２． 從鹿港到達半線（彰化）、大肚等地。
３． 從大安登陸到大甲、苗栗一帶。
４． 從舊港至竹塹（新竹）
５． 從南嵌至盤坑、桃澗（桃園）、大科崁（大溪）。
６． 淡水河溯河而上至唭里岸、芝蘭堡（士林）、大直、雞籠、金包里等地。
對土地的開發，要求增產就是將耕地面積加大，這就需要更多的人力。鄭經對此嚴令將將士的眷屬遷台，同時又招納流亡。 將士的眷屬遷台另有一好處即是使將士減少逃亡。 在滿清實施遷界時有很多百姓喪家廢業，這些依海為生的人民，遷界以後無家可歸，無業可營，故有很多餓死。尚末餓死者也不顧禁命，拚命向鄭經的東寧王朝投靠。
東寧王朝的努力只花了四年即到了一六六六年開墾已有成效。是年大豐收。陳永華向鄭經報告說：「開闢業已就緒，屯墾略有成法，當速建聖廟立學校」，次年一六六七年七月東寧遣商船，往各港口價購船料，運往台灣，以便興造洋船、烏船，用這些船隻裝載白糖、鹿皮等物，上通日本；製造銅砲、倭刀、盔甲，並鑄永曆錢；下販暹羅、交趾、東京各處，以富國；從此台灣日盛，田疇市肆，不讓內地。
東寧王國、台灣王
一六六四年（永曆十八年、清康熙三年）三月鄭經失去大陸後來台，又永曆帝業已被弒，乃謹守藩封，廢東都，以「東寧」稱全台灣，並以「東寧國王」自稱，但仍然使用「招討大將軍」的印信，「永曆」年號，在與凊廷大臣明珠的書信中，也自稱「建國東寧」。外國文書稱他為「台灣王」「 The king of Tyawan （ Taiwan ） 」，這是台灣史上漢人建立的第一個王朝。在西方史書上對鄭氏王朝述說較詳，因從鄭芝龍開始六十餘年間，在東亞國際舞台上，扮演極重的角色。
行政區除承天府外，鄭經升天興縣與萬年縣為天興州、萬年州。 又於澎湖安撫司外加南北路兩安撫司，這是東寧王國的一府、兩州、三司。以陳永華為總制，掌理國政，陳永華治國方法與目標為：十年成長，十年教養，十年成聚，三十年與中國相甲乙。在陳永華的的籌劃輔佐下，設吏、兵、戶、禮、刑、工計六部的行政機構。
一六七五年他更定官制後，下屬都對他改稱「臣」而上奏，不再使用「卑職」。
對理蕃事務，土蕃部落設之為社，社置酋長，以社中頭目任之。計有四十六社。
在柴頭港（今台南市北區大甲里）建燒磚火窯。
以承天府為中心，建十字街，分東安、西定、寧南、鎮北四坊，坊置簽首，理庶事。制鄙為三十四里。里有社，社置鄉長，十戶為牌，設牌首，十牌為甲，置甲長，十甲為保，設保長。
種植甘蔗，製糖，建糖?，自給之餘運銷日本、呂宋。
開闢新鹽場在永寧瀨口（今台南市南后喜樹南），改煎煮法為日曬法。
東寧的台灣學制與教化
明末之學風其弊端極重，如在錢賓四師曾論及在科舉方面，經義漸漸變成八股。以前有人說八股之害等於焚書，而敗壞人才，有甚於秦朝之焚書坑儒。學問成為空虛，是為明代士人與官僚的通病。又科舉推行久了，應試者只要在四書一經中，擬題一、二百道，竊取別人的文章，考試時只要將文章抄寫一遍，就可以錄取為官，所以在四書一經中有許多人根本不讀全文。 這樣的學風，已到無可就藥之地步。
陳永華有鑑於此，在台灣這塊尚未污染的地方，依據他的理想，建立起對教育、考試、用人三種制度合而為一的一貫制度。首先建孔廟，在承天府寧南坊卑仔埔（坐落在今台南文廟路二號）興建文廟及明倫堂，於一六六六年（永曆二十年、康熙五年）正月竣工，鄭經率文武百官舉行落成典禮，是日在泮宮有數千人觀禮。
設學校使最基礎的教育，由各社設學校敦聘教師，令子弟就學。 三月立太學。並建立考試制度。兩州（天興州、萬年州）三年一試，照科、歲例開試儒童。 州試得名者送府，府試得名者送院，院試得名者送太學，成績優異者，由太學補六官掙用。
這個新制度其特點是政府人才的取得，是經由州、府、院的三次考試，及格者才得進太學研讀。在太學三年中，每月皆有月考，以免有學生擁書不讀之弊。三年後參加政府用人考試，及格者便分發為政府官員。這個方法根本剷除明朝的八股取士的弊病。政府可得人才，又士子的出路寬廣。
鄭氏父子禮遇文人，如沈光文、王忠孝、辜朝薦、李茂春、沈佺期、張士栯、張灝、張瀛、郭貞一、許吉、黃驤陛、黃事忠、諸葛倬等，將這些文人大都以進士出身，遷居到台灣，擔任文教工作，使台灣成為文人匯集之所。對文化之提昇頗有助益。如陳永華之次子陳夢球，在一六八四年（康熙二十三年）中進士。其他考中舉人有一六八七年的蘇峨、一六九○年的邑星燦、一六九三年的王璋等，皆在台灣學成，這也是東寧鄭氏時代啟迪教化之功。
東寧時期以一六六四年（永曆十八年）至一六七四年（永曆二十八年）這段時間因鄭、清雙方隔著台灣海峽，並無戰爭。所以陳永華之教化工作推行極為順利，又重民族精神教育，對歷史抵抗外族入侵的民族英雄，如岳飛、謝安等，建廟崇祀，又推廣關雲長忠義精神，而廣建關聖帝君廟，其效果影響台灣社會極深。當時台灣社會是男多忠義，女多貞烈。
後代人，對明鄭的教化工作有「節烈之教，留而不衰」的讚美。
劉國軒
劉國軒福建武平人，胸藏韜略，一六五四年（永曆八年、清順治十年）以漳州城獻給鄭成功（請參閱ｐ20），所以被授以護衛後鎮，在鄭成功主政時職位尚低。到了一六七四年（永曆二十八年）三藩抗清時，五月劉國軒率兵進佔泉州，數度大敗耿精忠逼得，耿精忠向鄭經求和。又次年以數千飢疲之兵，破尚可喜十餘萬虎狼大軍於母山，奪取兵器輜重無數，名震南粵。
在海澄之役中，劉國軒預置伏兵於海澄城外，再以數百人，手摯火把旗幟，在遠處活動，城中清軍遠望火光以為援軍來到，於是開門出戰。一開門就中了劉國軒之計，在城外的伏兵加以攻擊，就在爭戰中，海澄清軍看到遠處的火光快速的消熄，以為援軍全被消滅，一時清軍大驚，相互踐踏奔回城內。劉國軒早已派了勇士，著清軍服順便混入城中，再城中放火燒糧，火光沖天，海澄遂破，清將段應舉等自縊，三萬清軍投降。如此劉國軒僅以少數兵力與清軍的相持二、三年之久。
受修來館之影響明顯的例子有，一六七九年（永曆三十三、康熙十八年）八月亢宿鎮施明良與施世澤與閩浙總督姚啟聖有秘密的往來。施明良為琅姪兒原名施亥，投降明鄭改名為施明良，施世澤即施琅養子，原名施齊，施明良暗地與滿清閩浙總督姚啟聖交通。意圖將擒鄭經，而獻諸島，姚啟聖答應給予公爵之位。 因此施明良與施世澤二人刻意討好陳繩武、馮錫範，以致每日得以與鄭經親近。 姚啟聖又令明鄭之降兵二百人，復降於鄭，以為內應。施明良等竟日與鄭經混在一起，飲酒作樂，通宵達旦。劉國軒疑之，當面向鄭經提醒自古以來大奸似忠的道理，而鄭經並不接受。
不久施明良騙鄭經在沒有帶隨從的狀況下，至海口巡視潯尾，以便乘機將鄭經擒拿，渡海獻滿清。此事巧為劉國軒得知，只率二十員從者追趕，所幸及時趕到，劉國軒並沒有當場揭穿施明良的陰謀，沒有揭穿是因鄭經已墮入施明良的圈套中，不是口舌所能爭的，只將鄭經保護回廈門。
此事劉國軒，偵訊那二百詐降兵，又施明良的同夥傅為霖（請參閱ｐ75）為了保護自己，供出欲生擒鄭經而獻諸島給清方姚啟聖之原委，方握有施明良之謀叛証據。因此施明良與施世澤二人皆被殺。（二人被殺與施琅的復出有極大的關連，請參閱施琅攻台p72）
一六七八年（永曆三十二年、康熙十七年）劉國軒在鄭經連失五府之後，攻下沿海數十州堡，數敗清軍，取平和漳平，圍海澄達八十三日，清方陣亡有提督段應舉、總兵藍馬及清軍三萬餘，馬萬匹。東南大震（請參閱p58）。又圍漳州，取長泰、同安，再圍泉州並陷泉州屬邑。調泉州鄉勇充伍，並移鄉勇之眷口到台灣，如此可防止脫逃，又可增加生產。
鄭經對中提督劉國軒的戰績大加讚揚，晉封為平北將軍武平伯。
惟劉國軒身負托孤之重任，明知馮錫範有弒主的陰謀，只以託病為由（請參閱p71），而不排解遏阻，後人評為一介武夫耳。
馮錫範
鄭經死後一六八一年（永曆三十五年），受鄭經禮遇的懷安侯沈瑞 ，並將禮官鄭斌之女妻之，但因人口浩繁，所有糧米，養贍養不足，其母金太夫人屢出黃金兌換，或出元寶燒鏨，左右密告馮錫範。馮錫範因此認為沈瑞家富有，沈瑞當時年僅二十，借口與傅為霖通敵的罪名將沈瑞全家治死。禮官鄭斌得知，將其女即沈瑞夫人接回家，以免受株連，但她得知卻堅持返夫家不願獨存，返家之後見沈瑞之祖母、姑太夫人已經自縊而死，自已亦自縊而亡，其他人如沈瑞之妹、姊、三姑娘、于氏、李氏、崔氏等亦貞烈自縊。馮錫範又抄其家，搬盡所有而去。此為貪婪而殘忍，謀財害命。
在滿清意欲攻台前，一六七二年正月顏望忠、楊祥擬向外發展，向鄭經建議「願領兵船征呂宋，以廣地方」，但是馮錫範卻加以制止說：「呂宋乃黎國埠頭，其地並無所產，況年已納貢桅船，今若征之，有三失； 一。師出無名，有失遠人之心，二。殘擾地方，得之不足吾臂指。三。欲守之，有鞭長莫及之勢。況且在台灣年來安守，幸爾豐收，豈可妄興無益之兵。」
在汀州（請參閱ｐ57）耿精忠的守將劉應麟向鄭經投降，因馮錫範的愚蠢無知破壞了鄭耿合作反清。讓明鄭失去復國機會。
在施明良（請參閱p69）私通姚啟聖意圖擒鄭經渡海以得賞時，身為侍衛的馮錫範不但不能查覺陰謀，又不阻止鄭經冒險渡海，也不隨侍左右，有違侍衛之職。最後還是靠遠方的劉國軒到廈門救主。
東寧政變 錫範弒君 克塽即位
鄭經反攻大陸失敗，返回台灣，意志消沉，不理政事，溺於酒色，無復西意。見監國鄭克處分國事妥當，愈加放心，自此軍國事務皆交克裁決，並給與精兵三千由沈誠、毛興統之為護軍，宗族益憚監國而含恨愈深。
這時東寧王國分為二派人馬，一是留守派，以鄭克、陳永華等，另一是西征派，即是反攻大陸回台人員，以馮錫範、劉國軒等。西征敗歸要分享留守派的地盤。 馮錫範極妒忌陳永華掌握大權，又為事方正，因之設計而對陳永華說：「在西征上我沒有立下功勞，回來後仍佔據國家大位，覺得不妥，所以我將辭去職務，在家靜養以渡餘年。」 這話深深讓陳永華感動，既然最令人頭痛的一介武夫馮錫範都懂得要辭位，自己也應辭職。所以即向鄭經提出解除兵權的辭呈，鄭經不想批，但馮錫範卻大加讚同並說道：「永華勤勞數載，形神已焦！今欲乞休靜攝，情出於真，宜俯從之」。使得鄭經批准（一六八○年三月），並將陳永華所管轄全國最驍壯的部隊勇衛軍交由劉國軒，馮錫範仍然擔任職待衛並不辭職。 馮錫範見陳永華上當後，進一步即向監國鄭克下手。劉國軒本非奸邪之徒，但馮錫範之父馮澄世（請參閱ｐ20）對劉國軒曾有提拔之恩，故劉國軒拜馮澄世為義父，這層密切的關係使劉國軒失去了正義，也遺忘了托孤的使命，促使馮錫範的弒君。
陳永華後來發覺是受到馮錫範之騙，但為時已晚，悔恨不已。不久陳永華抑鬱而死。與夫人合葬天興州赤山堡大潭山，即今台南縣柳營鄉果毅後。
鄭經從反攻大陸七年無成，徒勞無功，也不勝感慨，萬念俱灰，只有縱情享樂，已致身體虛弱。病因是痔瘡暴脹，大腸緊閉，醫療無效，克日夜侍側，衣不解帶，督視湯藥。不久病亡，一六八一年三月十六日（農歷正月二十八日寅時），時年三十九與其父同。病危時授克劍印，指著克托孤於劉國軒。在位凡十九年。
鄭克立為監國（請參閱p64）後，為人英明果斷，頗有父鄭成功之氣勢，對鄭經諸弟聰、明、智、柔，也就是克的叔叔們，在台恃勢欺壓橫行，強佔民田，克不肯循私縱容，守正不阿。
所以上至董國太、下及鎮將兵民抱以熱烈的支持。
鄭經的猝死，王位的繼承順理成章應由長子鄭克即位，可是馮錫範出來反對，硬是說克非長子而是螟蛉子，應由年僅十二歲的鄭克塽即位，而克塽是馮錫範之女婿。由鄭聰、鄭明諸叔向董太夫人造謠，說盡克的不是，太夫人欲見劉國軒、馮錫範，而國軒以有病未赴約。於是董太夫人下令召見克。
監國鄭克不疑有他，在入門時將克的隨從護衛毛興、沈誠擋在門外，就在克進入董太夫人府內尚未見到其祖母時，即被馮錫範設下的謀殺國君圈套，由馮錫範隨協蔡添一刀剌入克腹中，再由鄭聰、鄭明、鄭智、鄭柔四位叔叔以木棒打死（一六八一年正月三十日）時年十八，與其父鄭經病亡只差二天。這是三國時何進被十常侍所殺的翻版。
董太夫人得知愛孫被弒為時已晚。於是一場篡位改立年僅十二的鄭克塽即位（二月一日）。 監國遇害三天後，監國夫人 懷有身孕也貞烈自縊 。 如此一個家五天死了三位半，悲慘至極。
董國太以長孫監國克是因召見而死于非命，間接促成殺孫，怨歎鬱卒不已，到六月十六日亦亡。
陳永華之侄兒陳繩武也遭到錫範的排擠，六月就革去職位。從此國事全由馮錫範主持。
馮錫範立克塽後，自以擁立有功，表封為忠誠伯。仍管侍衛，兼參贊軍機。弒君之鄭聰為輔政公，然而資才庸懦，事少決斷，惟馮錫範是聽。鄭明、鄭智為左右武驤將軍。又將「克螟蛉難嗣大位」的文書通告四方。如此民心、軍心盡喪。
在台灣的滿清奸細得知，即向福州的喇哈達、姚啟聖、萬正色等報告「鄭經已死，諸弟謀殺克，權奸馮錫範立其婿克塽嗣位。叔侄相猜，文武解體，主幼國疑，機不可失。」 如此喇哈達等認為在台灣一旦軍人攫奪政權，會導致東寧內部的不安與人心的危疑，因此視為攻台的最佳時機，就這樣引來大軍攻台。
施琅攻台
閩浙總督姚啟聖在黃芳世死後，水師提督懸缺，必須要一位有才華的人來擔任，查歷任水師俱有將才者，發現在京為內大臣的施琅是一位人材，所以三度向清帝推薦施琅為水師提督。但是清廷對施琅的忠誠未能信服，因而沒有採納。在此期間清廷指派王之鼎、萬正色等為水師提督，直到施琅之姪施明良（請參閱p69）與養子施齊（後改名為施世澤）因陰謀挾持鄭經降清之計敗露，二人皆被斬後，清康熙帝方認為施琅與明鄭無瓜葛，才有復出的機會。
一六八一年（永曆三十五年、康熙二十年）五月閩浙總督姚啟聖認為是攻台最佳時間，因台灣鄭經病亡，內部政爭克被弒，主年幼，上下猜忌。此時姚啟聖第四度推薦施琅，姚啟聖之大力推薦主要原因是施琅將受其統轄，所以出征時，自己為主帥隨軍督戰，施琅為主將負責戰役，若戰勝則自己將得首功。
在一六八一年（康熙二十年）七月二十八日康熙下令「施琅出任水師提督、萬正色改任陸路提督」。十月初六施琅抵閩就任福建水師提都。
施琅到任後得知鄭氏政局不穩至極，只要稍加施力即可摧毀。進攻台灣應先取澎湖，取澎湖應由在南方的八罩島（今望安島）向北方的媽宮（馬公）進兵，所以必乘南風為宜。況且在一六六五年第一次攻台（請參閱p40）時乘北風率軍東指，途遇狂風，船隻受損，無功而返，這是讓施琅失去信任的重要理由，然後就冷凍十七年。
不久施琅即與上司兼推薦恩人姚啟聖發生衝突，衝突之因是施琅不願受制。 此時姚啟聖主張乘北風攻澎湖，因媽宮（馬公）之南無可泊船之處，而北方有許多島嶼可供停泊，所以由北方南下至媽宮，如此進退有據則勝仗可期。
次年（一六八二年）二月事有湊巧，在北京的翰林學士李光地（李光第），他是福建人，因請假送母回到福建興化黃石。施琅把握此機會與李翰林學士密議詳談，三月時經由李光地，施琅再度上書康熙皇帝此次為秘密進行，惟恐讓姚啟聖知道。書中說明北風不可用，又說姚啟聖是「生長北方，雖有經緯全才，汪洋巨浪之中，恐非所長」，建議由施琅「專統前進」。 當然將自已忠清之心，表達得淋漓盡致，同時也數落提拔的恩人姚啟聖，說他是不識水性，每次登船，就嘔吐頭暈，舉步艱辛。 五月施琅見船隻已齊備，準備乘南風東進，而姚啟聖堅持等北風來時出兵。為此雙方爭執表面化，因此延緩攻台時間。 七月施琅在閱讀邸報中發現有「提督稱南風不如北風」的句子，一時驚愕，原來姚啟聖也向皇帝上書。因此立刻提筆，再次上書。這次強調，南風是風輕浪平，將士無暈眩之患；並提及在一六六三年（康熙二年）再度攻陷廈門（請參閱ｐ39）之功勞。又說現年六十有二，若再加數年則將老而無能為。更恐後繼無人，同時也要求獨任的兵權。
十月二十日及十月二十八日清康熙皇帝下聖旨：
「進剿海寇，關係緊要。著該督、撫同心協力催趲糧餉，勿致遲疑。前姚啟聖具題功罪定例，交與施琅遵行…施琅相機自行進剿，極為合宜。」如此施琅取得攻台的專任獨佔權，也就是說將姚啟聖擺一邊。
聖旨到時，氣候已進入北風的冬季，攻台時間不得不再度延期。
雖然皇帝命令閩浙總督姚啟聖停止行動。但姚啟聖得知施琅對他射出暗箭，就改變策略想以「招撫」取代「戰爭」以免施琅奪得全功。
一六八二年十二月派遣黃朝用（請參閱ｐ66第十次的和議、招撫）到台灣向東寧王朝招撫，以「不剃髮，只稱臣納貢，照朝鮮事例。」為條件。黃朝用知劉國軒、馮錫範等以推拖無意和議，於是想回福州，此時東寧王朝派出天興州知林良瑞（林珩）與黃朝用一起先到金門之遼羅，欲見在廈門之施琅，而施琅拒之。於是再到福州面見姚啟聖。姚啟聖、喇哈達、金鋐等對東寧來使相當禮遇，並知會施琅一起來開會。當然姚啟聖將康熙皇帝的剿撫旨意解釋為以招撫為優先。 施琅並不來開會，回覆說「奉旨專征，撫不敢主。如有真誠向化，當必遵制削髮」。這樣二人意見不合，一撫一剿，各說各話，因此滿清與東寧和議未成。
一六八三年（永曆三十七年、康熙二十二年）七月八日（農歷六月十四日辰時），施琅率二萬多兵士及六百多艘戰船，從銅山出兵，進攻彭湖。 台灣方面由劉國軒統領鄭氏的部眾與東寧的水師，人數船隻均少。但在風櫃尾、四角山、雞籠嶼、牛心灣、虎井、桶盤嶼、媽祖宮各築炮台一座，東峙、西峙、內外塹各築砲台二座。
施琅對劉國軒的守備軍力的評估是「澎湖新舊炮船、鳥船、趕繒雙帆等船，共計有一百二十隻左右。劉國軒、林陞、江欽等共賊眾六千餘，內有家眷舊賊約二千名，其餘俱係無眷口新附之眾，私相偶語，提督不嗜殺人，只等大軍到，便瓦解歸順。」
英國人對此海戰其紀錄是： 鄭方海軍僅有四、五十艘戰船，糧食給與缺乏。
六月十五日晚清船停泊於八罩島（今望安島），十六日黎明清軍從南往北攻，當時正值南風季節，清軍居上風上流，施琅攻媽宮，被劉國軒射中右眼，並幾乎被生擒。六月十七日，清軍全部退回八罩島。十八日清軍進取虎井、桶盤兩小島。二十、二十一日，施琅故意用「老弱驕兵之計」，又令將領軍諸將姓名以大字寫在船帆上，以便遠處監視、觀察各將領的動向，又以東寧水師船少，故採用以眾擊寡的「五梅花陣」即是五艦結為一隊攻東寧的一艦。
六月二十二日，施琅將其水師分配為左、右兩翼及中央部隊，左右翼各有五十隻船，中央有大船五十六艘分為八股，每股七艘，分為三疊，二船為一疊，指揮船居中。尚有後援部隊計八十艘船，攻擊開始清軍皆以三疊為前進。一股攻蒔裡，直奪雞籠嶼、四角嶼; 一股直入牛心灣，奪砲台，中央五十六艘直撲媽宮。劉國軒亦下令在媽宮港內所有船隻前往迎敵。初台灣水師，略勝，清軍平陽總兵朱天貴戰死，海壇總兵林賢、興化總兵吳英皆傷。 施琅改變陣式取消分股戰，改為包圍戰，以多勝少。鄭軍呈劣勢，副提督江勝、左衛邱輝皆戰死，其他四十一名台灣將領陣亡，一百五十五名軍官投降，一百多艘戰艦全沈，四千八百名士兵投降。劉國軒在吼門淺礁無人防守之處，水漲風順衝險而出逃回台灣。 清軍損失卻是輕微，戰死三百二十九人，負傷一千八百名。
施琅善用心機，他發衣服與糧食給降兵，又醫治傷兵，對想回台灣的降兵，一律放行，並發榜安民，免三年賦稅和差役。消息傳到台灣，東寧軍民之士氣頓時瓦解。
施琅不惜以斬絕鄭氏遺脈，斷送明室復起之望，達到他復仇的目的，此時他也忘了是漢民族之一員。
姚啟聖於六月十四日在銅山送施琅後，沒有幾日就傳來澎湖大捷，十分後悔當時不應該聽從林寶的意見，林寶認為六月是有不測的颶風，澎湖山低矮難攻。所以沒有同施琅一起出征。
風雨聲中的東寧王朝
馮錫範弒君，倒行逆施，權門樹黨，東寧王朝日趨分散。此時傅為霖 欲再度降清，他在一六六二年原追隨鄭泰之子鄭纘緒投降滿清，為滿清之湘江通判，後革職歸。在一六七四年（永曆二十八年）鄭經反攻大陸時，他又歸順鄭經，鄭經待他甚親，授以為賓客司。他曾在施明良（請參閱P69）、施世澤案中，設計預謀生擒鄭經，為求自保而告密自首，此時又起來活動。 他與陳典煇密謀，將願為滿清之內應，訊息傳至清閩浙總督姚啟聖。姚啟聖認為傅為霖是文官，若要舉國來降是有困難的，所以運萬兩銀交與傅為霖，用為收買掌有兵符之東寧將領。如此傅為霖得以結納蔡愷、朱友、高壽等將領共同謀叛，計畫在清攻台時，劉國軒將率兵至澎湖時，發動兵變。 所幸朱友 將此秘謀向鄭克塽報告：「為霖、高壽、蔡愷、陳榮等私受姚總督銀劄，買散人心，不日匆師到澎，為霖等即為內應」。 如此將叛變之事全盤供出。 東寧立即搜索，得到傅為霖寫書給姚啟聖之信件：「澎湖無備，可速督兵前來，一鼓可得。若得澎湖，台灣即虛，便當起兵相應。」
因此傅為霖及其黨羽皆被斬，消除了一次可能的叛亂。但此案引起另一插曲，即馮錫範為一已之私，將懷安侯沈瑞 （請參閱p69） 也捲入。
又馮錫範在施琅犯台前夕，派令資歷甚淺的李茂為副總督，而其統轄之蔡文、鄭仁、黃良驥、沈誠均不滿。此事馮錫範聞知部將不滿，反而更提昇李茂為左先鋒，以示鎮壓，兵情緊急，竟以氣勢凌辱宿將。如此軍心如何能有鬥志。雖有何祐厭惡馮錫範的弄權，曾計劃謀剌馮錫範，奈何未得機會。
此時又有清寧海將軍喇哈達送達台灣的召降書，使得軍心、民心渙散。
「…方今鄭經已伏冥誅，而嫡庶爭立，奸黨竊權。此內亂方深，揆之天時、人事兩端，不可不為敗亡之兆…不日東征，勢如破竹，正爾民出力報效之時…斬巨魁而獻馘，操舟納款，率眾輸誠，本將軍更當分別具疏題請，從優錄用…」
一六八○年五月恐清軍來襲，乃藉文武官田甲與百姓之壯丁，每十人抽一人，訓練自衛。如此得兵三千有餘。但街市商民則十家共出一丁，每名折價徵銀一百兩。貧富不均，人民怨聲四起。
一六八三年二月台灣米價大貴，人民飢餓而死甚多。
(待續)
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(續前)
信如父命及清諭，猶且兩難。而以父所傳之諭若此。乃抄到部院劉清泰 所賚之敕若彼。前後之言，自相剌謬。夫沿海地方，我所固有者也。東西洋餉，我所自生自殖者也。進戰退守，綽綽有餘，其肯以坐享者，反而受制於人乎？且以閩粵諭之，利害明甚，何清朝莫有識者？蓋閩粵，海邊也，離京師數千餘里，道路阻遠，人馬疲敝，兼之水土不諳，死亡殆盡，兵寡則難守，兵多則勢必召集。加集則糧食必至於難支，兵食不支，則地方必不可守，虛耗錢糧而爭不可守之土，此有害而無利者也。如父在本朝時，坐鎮閩粵，山海寧謐，朝廷不費一矢之勞。餉兵之外，尚有解京。朝廷享其利，而百姓受其福，此有利而無害者也，清廷不能效本朝之妙算，而勞師遠圖，年年空費無益之貲，將何以善其後乎？
其或者將三省之虛名，前啗父者，今轉而啗兒，兒非不信父言，而實有難信父言者。劉清泰果能承當，實以三省地方相畀，則山海無竊發之虞，清朝無南顧之憂，彼誠厚幸。至于餉兵而外，亦當使清朝享其利，不亦愈於勞師遠圖，空費帑金萬萬者乎？況時下我兵數十萬，勢亦難散，散之者各自嘯聚，地方不寧，聚之者師旅繁多，日費巨萬。若無省會地方錢糧，是真如前者啗父故智也。父既誤於前，兒豈復再誤於後？兒在本朝，亦既賜姓矣，稱藩矣，人臣之位已極，豈復有加者乎？況兒功名之念素淡。若復作馮婦。更非本心也。可為智者道耳。不然，懸烏有之空名，蒙已然之實禍，而人心思奮，江南亦難久安也。耑稟」
促使清廷安排和議其主要原因是，在一六五二年鄭成功進兵長泰、詔安、和平、海澄，圍攻漳州等地，清軍受挫。 同時永曆帝在西南由李定國（請參閱ｐ11註）此時亦出兵楚粵，攻克藍田、武崗、寶慶、桂林。斬定南王孔有德、定遠大將軍尼堪等。一時鄭成功與李國定二軍向滿清夾擊，在此情況下，滿人就以「和議」、「招撫」 的手段，來處理這無勝算的戰爭。
清廷是迫鄭芝龍寫信給鄭成功，並以海澄公的爵位、及給靖海將軍敕印、又有泉、漳、惠、潮四府之地為餌。 鄭成功早看出滿人之技倆。因念及父子之情無法全絕，於是拖拖拉拉一年多的時間，希望其父能重返福建，至少藉此機會，暫延其父之生命，同時對自已也有喘息的時間。
但一另方面這個和議使成功分派幹員前赴閩南各地，徵收糧餉。但也耽誤了鄭成功南下勤王的時間。
當然和議無成，所以鄭芝龍就入獄，即從一六四六年投清才不到八年即打入監牢。
鄭成功的死亡
有人落井下石指控鄭芝龍與鄭成功之間尚有往來，叛將黃梧力促殺芝龍，因不殺芝龍則成功之心不死，諸將投清之心不堅。在一六五七年叛將黃梧在三月二十三日即向清廷要求「…鄭成功恃其父芝龍在京，欺誑招撫，藉以登岸派嚮。故惡首在芝龍，必先斷絕芝龍，使之音問不通，則成功只海上匹夫爾…請密奏剪除芝龍，以絕盜根」。
一六六一年滿清蘇克薩藉口鄭芝龍家人伊大器告發為理由，十月三日將鄭芝龍與其子世忠、世恩、世蔭、世默，弟鄭芝豹 共十一人一起被屠殺。 如此看來鄭芝龍根本就沒看到閩粵總督之印就命喪北京。
同時清廷派兵部尚書蘇納海到閩，會同黃梧將鄭成功各祖墓掘開，破壞鄭氏祖先的風水，用以打擊鄭氏王朝。凡是可以找到的鄭氏祖墳，全部都掘出，拋露骸骨。用大木鋸開兩片，鑿屍穿孔，用鐵箍箍上，外加封皮，沿途遞解，逢郡縣收獄，一如囚犯極盡虐待處理。
一六六二年正月成功得知父芝龍凶訊，望北而哭：「若聽兒言，何至殺身；然得以苟延至今者，亦不幸之幸也！」令文武官員各掛孝。 後又傳來毀墓，向西切齒而罵曰：「生者有怨，死者何仇？敢如此結不共戴！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝屍，枉作人間大丈夫！」
鄭芝龍生有七子 ，長子成功，二子世恩、三子世忠、四子世蔭、五子世渡、六子世襲、七子世永 ，後四子是恩夫人嶺氏所生。一六六一年九月鄭芝龍與二子世恩、三子世忠、五子世渡、七子世永，一家十一口在北京被滿清處死 。 消息傳來，鄭成功叱為妄傳，但到夜半時卻悲泣，此後即鬱悒，剌激極深。
永曆帝在緬甸被執，送到昆明，吳三桂士兵驚見其面如滿月，鬢長過膝，日角龍顏，十分俊偉，多人欲擁為帝。吳三桂大驚誅四十餘人，並將永曆帝父子，絞於昆明市郊，時一六六二年四月二十六日，年四十。 依據慣例應改元，但鄭成功卻說：「皇上西狩，存亡未卜，何忍改元」，此後在東寧王朝的年號全依舊使永曆直到亡國。
六月二十三日（陰曆五月八日），成功朝服帆帶，命左右扶上點將台，持千里鏡暸望海上，問及有否船隻從廈門來，對殺鄭經的執行關心。回床後，飲了幾杯悶酒，讀太祖皇帝的後訓，淚如雨下，長嘆：「自國家飄零以來，枕戈泣血十有七年，進退無據，罪案日增，今又屏絕荒，遽損人事，忠孝兩虧，死不瞑目！天乎天乎！何使孤臣至於此極也！」說完，雙手掩面而逝，左右報其弟鄭世襲及黃安、馬信等，馬信取紅緞蓋之。然後通知各文武，祭奠舉哀，計享年僅三十九。父死、君亡、子不孝、臣抗命，氣憤而死。屈指統眾共計一十六載。
鄭成功在一六六二年六月十六日（五月一日）得病，二十三日（五月八日）病亡。其間僅隔七日，一位中年壯男何以如此。有幾個重要因素在此陳述
一． 鄭經亂倫，加上將領不遵命，極度氣憤而薨。
二． 病中得知永曆帝及太子在昆明被吳三桂絞殺於市的凶訊，使病情加劇。
三． 是台灣的自然環境，蚊蠅瘧疾橫行。所以有人推斷為患瘧疾而亡。也有認為是死於肝病。
四． 另有一說為發狂自殺。
在清代官書記載：「…成功父子相惡。成功欲殺錦（鄭經），遣人捕繫之。錦稱兵以拒，成功恚 甚，得狂疾，索從人佩劍自斫其面而死。」
又靖南王耿繼茂之報告中云：「海逆鄭成功，因其子鄭錦（鄭經）為各偽鎮所擁立，統兵抗拒。鄭成功不勝忿怒，驟發顛狂，於五月八日，嚙指身死。」
這位被荷蘭人及外國史學家稱呼為「偉大的國姓爺」其重要理由是畢生尊循「漢賊不兩立，至死不降敵」，這個條件下，雖至親至父子亦不破壞。
南征菲律賓（呂宋）
在一六○三年（明萬曆三十一年）呂宋華人二萬三千餘人遭受屠殺，又在一六三九年（明崇禎十二年）再次集體屠殺華人，明朝政府均視若無睹，任人宰割，也無力問罪。 鄭成功對在呂宋的西班牙人不滿，計劃遣使招降，如予拒絕，即派兵略取。 當時在呂宋的漢人有數十萬人，人數並不比台灣少，所以在一六六二年派使多明我會（Dominn kus）羅馬神父李科羅（Victorio Riccio）為代表，（李科羅在一六五四年自馬尼拉航抵廈門，蒙鄭成功特准，建立教堂，舉行公開禮拜。）攜有鄭成功對呂宋總督（Mararique de Lara）國書一份，威嚇呂宋當局，意要出兵協助呂宋華人。
「大明總統使國姓爺寄馬尼拉總督曼利克。特。喇喇之宣諭：
承天命而立之君，萬邦咸宜效順朝貢，此古今不易之理也。可惡荷夷不知天則，竟敢虐我百姓，劫奪商船形同盜賊，本當早勒水師討伐。然仰體天朝柔遠之仁，故屢寄諭示期彼悔罪退過，而彼等遇頑成性，執迷不悟，邀予震怒，遂於辛丑四月率水師親討，兵抵台灣捕殺不計其數，荷夷奔逃無路脫衣乞降，頃刻之間，城池庫藏盡歸我有，倘彼等早知負罪屈服，豈有如此之禍哉。
你小國與荷夷無別，凌迫我商船，開爭亂之基。予今平定台灣，擁精兵數十萬，戰艦千艘，原擬率師親伐。況自台至你國，水路近捷，朝發夕至；惟念你等邇來稍有悔意，遣使前來乞商貿易條款，是則較之荷夷已不可等視，決意姑赦爾等之罪，暫留師台灣，先遣神甫奉致宣諭。倘爾及早醒悟，年俯首來朝納貢，則交由神甫履命，予當示恩於爾，赦你舊罰，保你王位威嚴，並命我商民至爾邦貿易；倘或你仍一味狡詐，則我艦立至，凡你城池庫藏與金寶立焚無遺，彼時悔莫及矣。荷夷可為前車之鑑，而此時神甫亦無庸返台，福禍利害惟擇其一，幸望慎思速決，毋遲延而後悔，此諭。
永曆十六年三月七日 國姓爺」
西班牙人見到國書（五月五日，陰曆三月十八日）後大驚，立即以施以集體屠殺在呂宋的華人，數以萬計。 事後西班牙人怕鄭成功攻擊，乃命使者隨李科羅來台灣乞和。 鄭成功知華人遭到集體屠殺後，大怒即時決定遣兵南征呂宋，但竟一病而歿，再來就是鄭氏王朝內的王位爭奪，無力攻菲。又滿清入主中國，向來無海權觀念，同時也視漢人為外人，決無加以援手之理，如此無人繼承鄭成功維護海外華人權益的遺志。在呂宋的華人又一次的遭受大規模集體屠殺。
鄭經亂倫
鄭經 乳名錦，又稱錦舍，鄭成功長子，（生於一六四二年《明崇禎十五年》十月初二，卒於一六八一年）。
一六六二年鄭經十九歲時生下一男，取名鄭克，消息從廈門傳到台灣，鄭成功在年三十九即做了祖父，十分高興，隨賞金、廈將領等幣帛，及其妻董氏金六錠，子經金四錠，花紅四疋，陳氏金二錠，花紅二疋，孫亦有賞賜。可是鄭經之正室為尚書唐顯悅之孫女，寫信鄭成功說道：「三父八母，乳母亦居其一，令郎狎而生子，不聞斥責，反加齎賞，此治家不正，安能治國」。說明此新生子乃是鄭經與其四弟鄭睿之乳母陳氏昭娘私通所生。
鄭成功得知此亂倫之事後，大怒命黃昱持令箭往思明（廈門），諭知鄭泰，使監斬世子鄭經、及陳氏母子、並斬鄭經之母董夫人教子不嚴之罪。 鄭泰、洪旭等接令後大驚，不知如何處理，斬世子鄭經及鄭成功的妻子，如何下得了手，同時鄭泰持更遠的看法是，若依命斬之，將來若鄭成功反悔則自己未來不堪設想。因此網開一面，僅殺陳女復命。
鄭成功遠在台灣氣憤難消又感到羞辱，再度下令，務必斬世子、其母。並又令在南澳的周全斌率兵入思明執行，眾所週知鄭成功軍令如山，洪旭等大駭。此時諸將以鄭泰馬首是瞻，因與鄭經有伯姪戚情，又鄭泰之地位若除去世子鄭經外，則僅次于鄭成功，隨後得知成功有疾，因此將斬世子之命令以「此亂命 也，不可從」，雖然世子不可拒父，諸將臣，不可拒君，然而鄭泰與藩主是兄弟，而兄可以拒弟。所以鄭泰仍不遵命監斬，刀下留情將鄭經放過，並調兵守大膽，計誘周全斌，將周全斌拘禁。鄭成功聞諸將拒命，大怒。 此時突傳來鄭成功病亡，因此鄭經之命得以苟存。
鄭經的王位繼承爭奪
鄭成功猝死（五月）對王位的傳遞有很明確的將傳位給他的弟弟鄭世襲，另一方面可以確定的是，決對不會給他親生的兒子鄭經。 在靖海志中說：「成功病卒於台灣，遺命：『子經不肖，不堪負荷，文武各官俾輔幼弟為台灣王』。提督馬信、鎮將黃昭等宣遺命，以弟鄭世襲護理大將軍印。」 所以在台灣的蕭拱宸、黃昭等的支持鄭世襲為暫為護理，執行職權，以便鎮攝成為「東都王」。
此時在廈門的鄭經也自行宣佈繼承王位，稱「世藩」，並抬出明朝宗室寧靖王朱術桂（請參閱ｐ77）為號召，儼然以正統自居，布告各島，而後舉喪。 六月二日並派遣曾經到過台灣，與荷人爭戰，智勇兼備的周全斌，為五軍都督，（周全斌當時是被鄭經因亂倫案中受鄭成功之命欲來擒鄭經，不果，囚於獄中），陳永華為諮議參軍，馮錫範為侍衛，整兵準備東征台灣鄭世襲。
清總督李率泰也得知成功去世，叔侄爭位，良機也，正欲出兵來襲。於是與三藩之一的靖南王耿繼茂等商議（七月），結論是派出都司李振華，林忠前往廈門與鄭經會談，告知「朝廷（清）以誠信待人，若釋疑，遵制削髮登岸，自當厚爵加封招撫之。」這種又以官爵的騙術，鄭經早已洞察，因此就藉此實施反騙術之騙術。 八月鄭經派楊來嘉、吳蔭攜所獲清朝各州縣大印共十五顆，前往與李率泰談判。又向清要求如朝鮮例免薙髮，如此公文旅行，鄭經獲得機會出兵台灣的時間。但是耿繼茂與李率泰也非省油燈，他們也運用這次和談將鄭氏中的大將要員如鄭泰、洪旭、黃廷等用反間計。將十五顆大印由楊來嘉攜回，又運用楊來嘉本來即是鄭泰（請參閱p35）部屬的身份，因此將楊來嘉的身份改稱為是鄭泰、洪旭、黃廷的特使，又放話「鄭泰、洪旭、黃廷等將密獻金、廈兩島」，使鄭氏內部自相猜疑，然後剿撫兼用。此計在後來鄭經誘殺鄭泰（請參閱ｐ35）中奏效。
因慮及清軍來襲，故至一六六二年十月才將大批部隊開往台灣奪取王位。鄭經同周全斌出兵東征台灣。軍隊到達澎湖後，鄭經即欲立即攻向台灣，此時陳永華建議：「宜先禮後兵，故先通知，再出兵未遲。」，鄭經即令禮官鄭斌 持諭先行到台灣佈達：「不日世藩將親統六師抵台奔喪，如各鎮分屯守土者，就在本處設位…」這個告示使得大多數的將領保持中立觀望。但蕭拱宸、黃昭等堅決反對，不能讓一位被鄭成功判為死囚的人來繼承。
可惜鄭世襲過去的地位遠不如鄭經，人際關係，軍隊的掌握等更是差大一截，又是突然受命為王位繼承人，來不及準備部署，即面對著曾經是世子的鄭經挾強大武力。
鄭經方面周全斌設定只有蕭拱宸、黃昭二將為敵，其他將領是被脅迫，因此廣為宣傳，罪在此二人。這場王位繼承很快就將黃昭身中流矢而亡，入安平鎮收殺李應清、蕭拱宸、曹從龍等，並不殺鄭世襲，如此完成了王位爭奪。
一六六三年（永曆十七年、康熙二年）正月十一日鄭經率眾返回廈門，同時也將鄭世襲帶回廈門。台灣方面的防務則將安平由統領顏望忠鎮守，其他所有承天府及南北二路兵馬軍務，悉委黃安以勇衛身份提調之。
鄭世襲到廈門後見鄭泰被殺，金廈失守（請參閱ｐ39），於一六六三年十一月率文武官二百二十四員，水陸兵一百二十名及家口船隻、盔甲，軍備，向清投降。 此時也是鄭經失去大陸（請參閱p39）之時。
誘殺鄭泰
投清之施琅、黃梧、靖南王耿繼茂等及滿清主子見鄭氏王朝短時間內無法以武力來擊敗，所以採取離間計分化鄭氏內部。乘鄭經爭奪嗣位時，捏造鄭泰欲據金門、廈門，並協助鄭世襲取得鄭成功所遺下的王位。鄭泰為謠言所苦。
鄭泰乃鄭成功的從兄弟，同為鄭氏十二世，一六六三年正月十一日鄭經從台灣帶大隊舟師，會同周全斌、陳永華、馮錫範等回到廈門。各島守將皆來迎接，惟駐守在金門的鄭經的伯父鄭泰稱病不到。
此時鄭經又獲得鄭泰與在台灣擁立鄭世襲為王位的黃昭往來的書信。信中鄭泰提及「擁世襲，拒鄭經，金門、廈門自會處理」等字語。 鄭經得此書信秘而不宣，這封信不知真偽，有可能是真的，因鄭經的亂倫不孝，王位自然不能由應該被處斬的人出任，鄭成功的其他弟弟除一位在日本外，其他三弟世恩、四弟世蔭、六弟世永皆在北京與父一起被清斬首，在此情形下則海上鄭氏惟鄭泰可以為主，因此致信黃昌，令他擁世襲拒鄭經。但也有其他可能是因鄭成功二次下令殺鄭經而諸將不從，因此謠傳「藩主（鄭成功）將盡誅諸將」及「藩主有密令至南澳周全斌，如不監斬鄭經，將及於監斬諸將」，一致引起全體將領一致抗命，但此時各將領對難免在暗中鄙視鄭經。這都是滿清求之不得的製造分裂的絕好機會。
三月傳聞海澄有將領將要投靠滿清，鄭經率軍，消息傳來，鄭泰認為鄭經不是去處理海澄而是針對自己而來，所以將家屬全部移住船上，並離開金門島以免波及。於是有人向鄭泰建議乾脆向鄭經說明原委解除雙方緊張，但鄭泰認為只有自救，不能以兵相向。又有人提議向滿清投降，鄭泰說：「先太師（鄭芝龍）業已誤矣！泰豈再誤乎？」
隨後鄭經並沒有去海澄，鄭泰也將家眷搬回金門。 鄭經得知鄭泰舉家在船的情形，心中愈是惶惑。
鄭經對捕殺鄭泰的方式是，設計明封鄭泰為「金廈總制」並刻印，又說明鄭經將到台灣主政。在六月由禮官鄭斌、慶官吳慎交給鄭泰，並且說明：「先王新闢台灣，甫一載即遭凶變，今雖底定，無人調度為憂，意決東行台灣。金、廈諸島擬交由鄭泰總制，以反清」。 這樣欲將金門廈門都交到鄭泰，鄭泰心中的疑慮雖接印，但並不敢往廈門向鄭經致謝。 隔數日鄭經的頭批人員乘船，載黃安、楊祥、劉國軒等眷口開往台灣。 鄭泰之弟鄭鳴駿得知其兄受封為「金廈總制」，故到金門要求鄭泰應到廈門致謝，鄭鳴駿不知其兄之處境，卻說：「骨肉至親，受托土地重責…」力勸其兄廈門之行。
另一方面鄭泰也自恃對鄭經有救命之恩，因此于一六六三年六月六日接受鄭經的邀宴帶兵船及十萬餉銀到廈門晉見鄭經。席間洪旭、周全斌、陳永華等亦不知情，談笑風生，但鄭經取出鄭泰與黃昭往來的書信質詢時，眾人才知是鴻門宴。不容鄭泰的辯白，交洪旭囚於一室，鄭泰自縊身死 。周全斌率兵將鄭泰的來船全數扣住，但獨獨有蔡璋一船逃回金門。
逃回金門的蔡璋將此消息報告後，一時恐周全斌的來襲。鄭泰之弟鄭鳴駿、鄭泰之子鄭纘緒等與忠靖伯陳煇、左武衛楊富、右武衛何義、左鎮陳平、右鎮黃鎬、後鎮林宗珍、水師一鎮洪陞、二鎮蔡璋、三鎮曾和、四鎮吳泗、五鎮張治、參軍蔡鳴雷等率二、三百隻船、精兵八千人內含三百鐵人，及文武官員數百人齊赴泉州向滿人投降。
此事造成鄭氏的分裂，元氣大傷。究其原因是鄭經獲得一封由鄭泰所書的「擁襲拒經」的信件，此信未辨真假，就殺鄭泰。又設計誘騙至廈門後，也不容鄭泰的辯白，再來就算是真的也不應殺鄭泰，概時間已過半年，當時各為其主。況且鄭泰有救命大恩。
後人猜測此信乃是耿繼茂所設下之圈套也，崇武守將楊來嘉（請參閱ｐ34）降清，楊來嘉本來就是鄭泰的人，又與黃梧有舊情，所以此信有可能是楊來嘉以鄭泰之名致書黃昭，囑其擁襲拒經，造成鄭經與鄭泰兩敗俱傷，而清坐收漁利。若從鄭經的立場來思考，他聽到「鄭泰、洪旭、黃廷等將密獻金、廈兩島」（請參閱ｐ34）的謠傳，是決定殺之，其他的書信也不用求証，如此以絕後患。
又鄭泰是極精明的生意人，本身有百萬資產，在金門除了自有五千名軍力外尚有船隻。鄭經對鄭泰的懷疑置於內心，也不求証，若是事實，應以防清兵來襲為名，派出巡邏艦隊監視往來泉州、漳州之水上要道，而實際上是在防止鄭泰部隊的帶槍投靠。 鄭經是以派船到海澄取糧，派周全斌到海澄，如此讓在金門的鄭泰有感鄭經對自己之不信任並欲來襲。
諸將心中不得不產生「至親且無辜遭戮，非親者豈不隨時為魚肉」，執殺鄭泰造成鄭成功十餘年來，苦心經營的大陸基地全失。
鄭泰另一弟，都督鄭賡率官兵三百十五名，家屬三百四十二名，亦降清。
鄭泰的日本存銀
鄭泰與鄭成功之關係應是堂兄弟，非同父，但同祖。鄭芝龍時期鄭泰是管家，十八歲那年，已乘鄭芝龍之貿易船訪日本長崎。芝龍見其伶俐而有心計，隨授之以官。至鄭成功時，見其善理財，進行北伐打南京時，授為戶官，掌管東西洋貿易，兼掌鄭氏「山」、「海」五大商（請參閱p51），凡兵糧銀米出入均鄭泰所管。山五商（請參閱讀p51）分為金、木、水、火、土的五行，總部設在杭州，收購各地特產全都送往廈門。海五商分為仁、義、禮、智、信五行，總部設在廈門，海五商專門將各地來廈門的貨運銷海外。五商是出超的，因五商以收購出口物質為主，銷售進口物資僅佔其營業中的小部份，主要由於洋船回航時很少有回程貨，因此直接將銷售所得的銀兩攜回或是寄存在日本。鄭氏船隊又除本身擁有龐大的運輸能力外及又有堅強保護的海上武力。
即是在是將中國的產品外銷，又購進外國產品銷中國，獲得極大的利益。這些利益大到使鄭氏的軍餉能自給自足，又使鄭氏軍隊擁有最先進的武器裝備。
戶官即今日的財政部長之職，但鄭泰個人也有相當的財力，又掌控部份兵權。深得鄭氏二代的信任，在鄭成功東征台灣時，即把思明（廈門）這個大本營及沿海基地的留守交由鄭泰、洪旭。 一六六○年達索（請參閱ｐ24）進攻思明之役，鄭泰配合鄭成功軍大破之。他是鄭芝龍、鄭成功父子三十餘年間對日貿易的實際負責人。在日本朝野有相當多的朋友。
在鄭成功北伐失敗後，鄭泰對國家失去信心，將資金匯到海外，以備萬一。資金匯出是從一六六○年末開始，共寄存在日本長崎唐通事 辦事處。共計三十萬七千三十二兩三錢四分（丁銀三千七十貫三百二十三匆四分）。此事鄭氏父子（鄭成功、鄭經）均不知，直到鄭泰被殺後才在他的帳冊中細查，發現庫藏短缺甚多，應是鄭泰之弟鄭鳴駿、子鄭纘緒投清時一併竊走，但同時發現了尚有這筆為數達三十萬兩銀寄存在日本的記錄。
對這筆龐大的資金，鄭經從一六六三年（永曆十七年、清康熙二年、日寬文三年）開始向日方要求歸還，派蔡政以協理刑官的身份，持公函前往日本訟理。但鄭泰家屬由鄭鳴駿的代表龔淳、林賢二人，持有存銀勘合 ，也向日本作同樣的歸還要求。
鄭經方面在七月十一日也就是在鄭泰死後一個月，以書面向日本提出存銀歸還之訴訟，七月二十九日公文由協理刑官蔡政送達。其內容為述明鄭泰在鄭氏一族內之地位職分，在鄭成功死後對鄭經企圖謀逆，又欲降清。他恐罪難逃而自殺。後抄其家，得知尚有從事貿易剩銀寄存長崎，今派協理刑官蔡政，領受歸還，以作復興明朝戰事之資。
鄭泰之弟鄭鳴駿亦在七月二十一日提出取款要求，其大意是：先謝兄鄭泰與日本通好多年，因國內戰亂故將與日貿易利銀之盈餘寄存長崎通事，自鄭成功死後，其子鄭經橫暴至極，欲奪兄泰之財產，因而誘捕鄭泰並使其自殺。掠奪其全部財產，因之自已逃出，與族人歸服清朝。請日本當局本著信義公平處理，懇請准鄭泰自殺前派遣日本之龔二娘（龔淳）暫留日本，將存銀在來年領回。
日本長崎受理雙方訴訟後，宣告對任何一方均不歸還，而其理由是：「鄭泰是鄭氏王國之戶官，若是公辦之貿易利銀，則當然屬於王國主權者鄭經，若是鄭泰之私營貿易利銀，則不待言是屬於鄭泰遺族。然而僅憑雙方所提出之提訴理由是不能決定。因此，要求雙方提出足以表明此存銀之根本所有權者之充分証據物件，並令各派遣足以說明其主張之責任者。」
一六六四年鄭經派副審理洪有鼎再度赴日，提出鄭經書簡，同年鄭鳴駿的代表鄭熊官、洪末舍來長崎致書奉行及唐通事。六月鄭泰之子鄭纘緒亦來長崎，告知日人其叔鄭鳴駿已身亡。
一六六四年二月鄭經之快官船自長崎歸國途中，當時鄭經業已失去大陸，船員等之家眷均在滿清統治下之泉州，不願至台灣東寧王國，因此蔡政被強行帶到泉州。在泉州的鄭鳴駿設館禮遇，而蔡政設法脫逃出清國至東寧。鄭經大喜，命為協理禮官。因蔡政回到東寧是七月，所以五月鄭經派出之使節是洪有鼎。
此後在一六六五年、一六六六年也各派人員至長崎。一六六六年鄭泰之子鄭纘緒于六月病亡在泉州，所以改由鄭纘緒之子鄭修典及鄭鳴駿之子鄭纘成為中心，繼續向日本要求歸還存銀。一六六九年鄭修典及鄭纘成被清政府強制率族人移居北京，而代表龔淳、林七官在福州。鄭修典之離開泉州據地，因而其勢力明顯衰退。
雙方經過多年往返的交涉，在一六七四年日本宣告判決，此鄭泰存銀，以龔淳為原寄存人且持有勘合為由，決定將交還給鄭泰遺族。但此時在中國發生三藩抗清戰爭，鄭經藉此反攻大陸，人心感奮，過去的鄭將今又反正歸來，如楊來嘉、洪福、萬祿、楊富等紛紛舉兵響應，而施亥、施齊、黃芳度等也反正歸來。此時在北京的鄭泰遺屬，受盡滿人控制，行動並不能自主，因而也產生再歸屬鄭經，故命龔淳前往廈門拜會鄭經，以日本存銀勘合呈獻為條件，申請投降。鄭經允准。
一六七五年（永曆二十九年、清康熙十四年、日延寶三年）六月，鄭經同樣派遣龔淳、黃熊官，由東寧船渡航前往日本，取回存銀。 自一六六三年在於日本之三十萬銀圓，日本幕府混開支銷，只領回銀二十六萬。其中因有在寬文三年三月之火災有玖千玖佰兩銀被火燒熔成塊銀，被火燒黑銀玖萬伍千玖百柒拾兩，原封無燒丁銀貳千參百陸拾柒兩陸錢陸分。
此事件共十二年間。東寧遣使計前後四次，鄭泰方面有六次。
鄭經失去大陸
鄭泰之被誘殺，鄭泰之弟鄭鳴駿、子鄭纘緒率大批軍隊投向滿清，如此鄭經在金、廈之海上實力損失過半。滿清方面無端得到強壯的水師，如此時機成熟，組織龐大海陸軍團向鄭氏進，由李率泰、及靖南王耿繼茂領軍。此時清廷重施故技，以漢治漢的方法，根本不須滿人操刀，只將投降的漢人組成，不需增兵即可對金門、廈門開戰。
況且又有荷蘭人不甘失去台灣，來向滿清聯合除鄭氏。 從巴達維亞（今雅加達）派遣大船十六隻，兵二千六百人合兵一齊向鄭經所佔的金門、廈門攻佔。
一六六三年（永曆十七年、清康熙二年）十月滿清以陸路提督馬得功與鄭鳴駿三百多艘戰艦出泉州港，水師提督施琅與黃梧出海門港，靖南王耿繼茂與荷蘭人渡海聯合再度進攻金、廈。
在此大軍壓境之際，鄭方由內地（因滿清已實行遷界令，設立界限，故曰內地）諜報偵知紅毛人（荷蘭）入福州港與滿清合軍，提督馬得功之坐船為「澄清海宇」，鄭鳴駿之船為「雄鎮金湯」。
鄭經事先調查敵軍行動，規劃若破了泉州之師，則由海澄各港之軍會各自退回。以先前鄭成功大破達索清軍的方式，是將廈門人員物質遷走，所以這次再度將廈門的人員撤出。陳永華、馮錫範二人保護董夫人並諸宗室、鄉紳及提鎮兵民眷船，都停泊在浯嶼。
鄭經與洪旭、王秀奇率舟師在大擔、烈嶼觀敵、接應。周全斌以二十隻炮船（ 船），以其機智、勇敢，獨自周旋於紅毛人之大船間，荷蘭人之甲板船發砲，無一打中。 在海戰中周全斌見到船尾書有「雄鎮金湯」認定是叛將鄭鳴駿，全力攻擊，那知船上將領業已改為是滿清主將馬得功（請參閱ｐ10），因馬得功將原屬鄭鳴駿較大的坐船據為己用。在周全斌的強攻下，恐遭擒，馬得功投海而死。並擊潰此時雖有鄭成功所訓練出來，由鄭鳴駿投降時攜到清方的三百名鐵人部隊。
在海上戰爭上鄭方是勝利者，但是鄭方不知敵方將領馬得功死亡，而守在陸路之陳昇向黃梧投降，施琅、黃梧二降清將領得以進攻廈門，一六六三年十一月十八日，又黃廷怯戰，以致金門、廈門再度失守。耿繼茂率清軍屠城、焚屋棄地而回。 鄭經放棄根據地金廈之後，退守銅山（漳州沿岸一小島）。原本在金廈舊將殘兵、官員紳士無船可渡海者，各尋生路，逃遁始盡。
一六六四年（永曆十八年、康熙三年）正月援剿右鎮林順與施琅過去有私交，施琅見鄭經在金廈大失人心，故向其招降。於是林順原帶領全鎮投降。二月又有守南澳左鎮杜輝率官兵二千一百九十八名及大小戰艦六十二艘，向清投降。鄭芝豹生母黃氏亦率子姪眷屬赴閩投降。 一時風聲鶴唳，諸將多思叛鄭。
此時鄭經駐銅山，諸軍乏糧，洪旭建議應遷至台灣，於是鄭經下令陳永華、馮錫範護眷先行。一六六四年（永曆十八年、康熙三年）四月一日（農曆三月四日）令周全斌、黃廷二人斷後，寧靖王、瀘溪王、魯王世子、巴東王諸宗室等同鄉紳王忠孝、辜朝薦、沈佺期、郭貞一、盧若騰、李茂春等全員退至台灣。惟馮澄世（請參閱ｐ20）船至東碇海（金門東南海中）外，僕劫其船，馮澄世入水溺斃。
而周全斌此時思及鄭經非明主，獨木難撐，以前曾被鄭經拘禁過，又加上與洪旭、黃廷有隙，若到台灣後將受害，這個因素為叛將黃梧得知，所以黃梧利用爵祿向周全斌引誘，周全斌最後向滿清的李率泰投降。同時黃廷因台灣新闢，水土不服之因，亦在銅山率眾降清。
如此由鄭成功所建立在大陸的基業在死後不到二年即在鄭經的手上全部失去。自鄭成功死後明鄭人員降清計有文武官員三千九百八十五員，食糧兵四萬九百六十二人，歸農兵民六萬四千二百三十名，總數兵將及眷口計十七萬人，船隻九百餘艘。明鄭宿將叛亡泰半。
鄭經一行到澎湖後，洪旭認為澎湖乃是台灣的門戶，是北從日本、遼東、浙江，南至廣東、交趾、暹羅必經之路，不可不置兵。鄭經同意，並在媽宮（馬公）設立營壘，煙墩、砲台等令薛進思、戴捷、林陞等以四個月為期，輪派守之。
施琅第一次攻台
滿清也是充分運用鄭成功所培養出來的武力，尤其是滿人所沒有的水師。利用施琅、黃梧、鄭鳴駿、鄭纘緒、周全斌、黃廷、林順等降兵降將，組成水師，由施琅領軍，積極準備攻台。
荷蘭人迫切要清廷履行合兵攻鄭氏王朝的約定，幫助荷人取回台灣，清方對約定拖延，而荷艦於十月在浙江時遭受颱風，船沈多隻兵力大損，而不再言攻台。
台灣灣方面鄭經即令洪旭抽調各鎮在屯墾的兵三成來拒敵，又撥勇衛、侍衛、合原駐守在澎湖的戴捷、薛進思、林陞、林應等舟師禦敵。三月顏望忠至澎湖，在媽宮屯設大營。
一六六五年（永曆十九年、康熙四年）四月十五日施琅將大隊船艦出銅山，夜三更即達清水墘（澎湖港），但卻遇上颱風，天亮後各軍四處漂散，失船隨少，但損壞極多。所以攻台不成，回師海澄修整船隻。
次年一六六六年六月謠傳施琅又要來攻，在洪旭的努力下，興造船隻、武器，不忘備戰，一時尚安。 但清廷感到勞師耗費頗巨，乃召回施琅至北京，打入冷宮，滿清此時對攻台灣毫無意願，所以栽撤水師提督，燒燬戰艦，又將投降的鄭氏官兵，次弟分配到各省墾荒，對台灣這荒島不願將其佔領，也不再投入軍力，從此台海平靜近十餘年。
施琅屢次上書請攻台灣，而清廷無意征戰，一六六八年調施琅至北京為內大臣，失去兵權的施琅此時潦倒不堪，甚至靠妻妾變賣飾物，做女紅維持家計。
台灣的經營
鄭成功在一六六一年攻入台灣，五月先攻佔赤崁城（Provintia，今之赤崁樓），即改赤崁為東都明京為承天府，總名「東都」，並頒佈諭告：「東都明京，開國立家，可為萬世不拔基業」，設一府二縣。 十二月（陰曆）攻陷熱蘭遮城Zeelandia後承天府即遷入大員城改稱安平鎮 。 二縣，即天興縣（在今嘉義一帶）即荷人所設置的北路，其範圍北至雞籠，但實際治轄諸羅，設縣治于開化里（今佳里）。另一縣為萬年縣（鳳山一帶）為荷人所稱的南路，範圍達瑯喬（恒春），但實際管轄鳳山高雄，縣治設於二贊行（仁德）。另設一司為澎湖安撫司。
以楊朝棟 為承天府尹，莊文烈為天興縣知縣事，以祝敬為萬年縣知縣事。當時荷人尚有熱蘭遮城尚在荷人手中，但史上記載一六六一年（永曆十五年）四月二十四日「藩（即鄭成功）以台灣（熱蘭遮城）弧城無援，攻打未免殺傷，圍困俟其自降。隨將各鎮分派汎地屯墾。」所以努力開發台灣，僅派一部份軍隊圍城，其他投入生產。
這糧食問題是久困鄭軍，當鄭軍攻台前舟船抵達澎湖時，即已缺糧。在澎湖時努力搜括，找到的各種雜糧也不過能使軍隊渡過一餐而已。到台灣後原本以為如何斌所言「糧米不竭」，但實際上台灣雖有餘糧輸出，但要應付大軍的長期供應是不足的。
一六六一年五月二日，二程官兵到達台灣，六月即令分配各地開墾。所栽培的植物，基本上是承荷蘭人的農產品，即是稻米及甘蔗為大宗。但較重視稻米。
西方人的紀載是：「…在十月繼續圍攻期間，日夜沒有停止放他們的大砲，在另一方面，很多的勞工，不絕地在耕種士地，一若他們已經變成為地主。並且在城未陷之先。漢人就已享受到其耕種的生產物，因為驕傲的海盜，在其來到台灣時，就已很有自信，在他所率領的五百隻舢板船中，已攜有很多的犁、種子和開墾所要的其他物品，並有從事耕種的勞工。」
為解決勞動力，鄭氏施行兵農合一。 所以下令將士的眷屬送台，又招納流亡。 將將士的眷屬送台有許多好處，一是增加生產力，再來眷屬在台將士不至離散，無形中也防止投清。
在田地的處理方式，是士地官有制，將接收荷蘭人的士地和所開拓好的土地分為三類。
一． 王田 從荷蘭人接手的王田改稱為「官田」
二． 私田 名為私田，但非民所有，乃是由鄭氏宗族、文武官員的招募佃農耕作的私有田地。此種田稅賦特輕。又稱文武官田。
三． 營盤田 由軍隊所開拓的。
鄭氏的屯墾，目的是在寓兵於農，而有廢兵，此時作了件令後代台灣人讚美的事，即由軍隊和民間開拓者並肩推刪，雙管齊下，拓成了縱貫台灣西部平野各處開拓據點。
從台南附近的曾文溪及二層行溪開始，建設大規模的公爺陂，王有潭、甘棠潭等水利灌溉系統。陂即埤，是水利建設，凡築堤瀦水灌田，謂之陂。不用築堤，疏鑿溪迫，引以灌田，稱之為圳。潭為聚水之處。明鄭時期所鑿之陂、潭，遺留至清初時仍有二十多處。
南路的開拓由打狗（今高雄）擴至左營一帶的下淡水溪下游鳳山及打狗一帶，如大湖陂、三鎮陂、中衝陂、北領旗陂、左營陂、赤山陂、烏樹陂、三爺陂、仁武陂。又有一支從車城登陸而延至瑯橋等地。
北路的開拓群分為
１． 從大坵田（蚊港、魍港）登陸，擴展至麻豆、昔苳、新營、諸羅（嘉義）、鹽水港等。
２． 從鹿港到達半線（彰化）、大肚等地。
３． 從大安登陸到大甲、苗栗一帶。
４． 從舊港至竹塹（新竹）
５． 從南嵌至盤坑、桃澗（桃園）、大科崁（大溪）。
６． 淡水河溯河而上至唭里岸、芝蘭堡（士林）、大直、雞籠、金包里等地。
對土地的開發，要求增產就是將耕地面積加大，這就需要更多的人力。鄭經對此嚴令將將士的眷屬遷台，同時又招納流亡。 將士的眷屬遷台另有一好處即是使將士減少逃亡。 在滿清實施遷界時有很多百姓喪家廢業，這些依海為生的人民，遷界以後無家可歸，無業可營，故有很多餓死。尚末餓死者也不顧禁命，拚命向鄭經的東寧王朝投靠。
東寧王朝的努力只花了四年即到了一六六六年開墾已有成效。是年大豐收。陳永華向鄭經報告說：「開闢業已就緒，屯墾略有成法，當速建聖廟立學校」，次年一六六七年七月東寧遣商船，往各港口價購船料，運往台灣，以便興造洋船、烏船，用這些船隻裝載白糖、鹿皮等物，上通日本；製造銅砲、倭刀、盔甲，並鑄永曆錢；下販暹羅、交趾、東京各處，以富國；從此台灣日盛，田疇市肆，不讓內地。
東寧王國、台灣王
一六六四年（永曆十八年、清康熙三年）三月鄭經失去大陸後來台，又永曆帝業已被弒，乃謹守藩封，廢東都，以「東寧」稱全台灣，並以「東寧國王」自稱，但仍然使用「招討大將軍」的印信，「永曆」年號，在與凊廷大臣明珠的書信中，也自稱「建國東寧」。外國文書稱他為「台灣王」「 The king of Tyawan （ Taiwan ） 」，這是台灣史上漢人建立的第一個王朝。在西方史書上對鄭氏王朝述說較詳，因從鄭芝龍開始六十餘年間，在東亞國際舞台上，扮演極重的角色。
行政區除承天府外，鄭經升天興縣與萬年縣為天興州、萬年州。 又於澎湖安撫司外加南北路兩安撫司，這是東寧王國的一府、兩州、三司。以陳永華為總制，掌理國政，陳永華治國方法與目標為：十年成長，十年教養，十年成聚，三十年與中國相甲乙。在陳永華的的籌劃輔佐下，設吏、兵、戶、禮、刑、工計六部的行政機構。
一六七五年他更定官制後，下屬都對他改稱「臣」而上奏，不再使用「卑職」。
對理蕃事務，土蕃部落設之為社，社置酋長，以社中頭目任之。計有四十六社。
在柴頭港（今台南市北區大甲里）建燒磚火窯。
以承天府為中心，建十字街，分東安、西定、寧南、鎮北四坊，坊置簽首，理庶事。制鄙為三十四里。里有社，社置鄉長，十戶為牌，設牌首，十牌為甲，置甲長，十甲為保，設保長。
種植甘蔗，製糖，建糖?，自給之餘運銷日本、呂宋。
開闢新鹽場在永寧瀨口（今台南市南后喜樹南），改煎煮法為日曬法。
東寧的台灣學制與教化
明末之學風其弊端極重，如在錢賓四師曾論及在科舉方面，經義漸漸變成八股。以前有人說八股之害等於焚書，而敗壞人才，有甚於秦朝之焚書坑儒。學問成為空虛，是為明代士人與官僚的通病。又科舉推行久了，應試者只要在四書一經中，擬題一、二百道，竊取別人的文章，考試時只要將文章抄寫一遍，就可以錄取為官，所以在四書一經中有許多人根本不讀全文。 這樣的學風，已到無可就藥之地步。
陳永華有鑑於此，在台灣這塊尚未污染的地方，依據他的理想，建立起對教育、考試、用人三種制度合而為一的一貫制度。首先建孔廟，在承天府寧南坊卑仔埔（坐落在今台南文廟路二號）興建文廟及明倫堂，於一六六六年（永曆二十年、康熙五年）正月竣工，鄭經率文武百官舉行落成典禮，是日在泮宮有數千人觀禮。
設學校使最基礎的教育，由各社設學校敦聘教師，令子弟就學。 三月立太學。並建立考試制度。兩州（天興州、萬年州）三年一試，照科、歲例開試儒童。 州試得名者送府，府試得名者送院，院試得名者送太學，成績優異者，由太學補六官掙用。
這個新制度其特點是政府人才的取得，是經由州、府、院的三次考試，及格者才得進太學研讀。在太學三年中，每月皆有月考，以免有學生擁書不讀之弊。三年後參加政府用人考試，及格者便分發為政府官員。這個方法根本剷除明朝的八股取士的弊病。政府可得人才，又士子的出路寬廣。
鄭氏父子禮遇文人，如沈光文、王忠孝、辜朝薦、李茂春、沈佺期、張士栯、張灝、張瀛、郭貞一、許吉、黃驤陛、黃事忠、諸葛倬等，將這些文人大都以進士出身，遷居到台灣，擔任文教工作，使台灣成為文人匯集之所。對文化之提昇頗有助益。如陳永華之次子陳夢球，在一六八四年（康熙二十三年）中進士。其他考中舉人有一六八七年的蘇峨、一六九○年的邑星燦、一六九三年的王璋等，皆在台灣學成，這也是東寧鄭氏時代啟迪教化之功。
東寧時期以一六六四年（永曆十八年）至一六七四年（永曆二十八年）這段時間因鄭、清雙方隔著台灣海峽，並無戰爭。所以陳永華之教化工作推行極為順利，又重民族精神教育，對歷史抵抗外族入侵的民族英雄，如岳飛、謝安等，建廟崇祀，又推廣關雲長忠義精神，而廣建關聖帝君廟，其效果影響台灣社會極深。當時台灣社會是男多忠義，女多貞烈。
後代人，對明鄭的教化工作有「節烈之教，留而不衰」的讚美。
劉國軒
劉國軒福建武平人，胸藏韜略，一六五四年（永曆八年、清順治十年）以漳州城獻給鄭成功（請參閱ｐ20），所以被授以護衛後鎮，在鄭成功主政時職位尚低。到了一六七四年（永曆二十八年）三藩抗清時，五月劉國軒率兵進佔泉州，數度大敗耿精忠逼得，耿精忠向鄭經求和。又次年以數千飢疲之兵，破尚可喜十餘萬虎狼大軍於母山，奪取兵器輜重無數，名震南粵。
在海澄之役中，劉國軒預置伏兵於海澄城外，再以數百人，手摯火把旗幟，在遠處活動，城中清軍遠望火光以為援軍來到，於是開門出戰。一開門就中了劉國軒之計，在城外的伏兵加以攻擊，就在爭戰中，海澄清軍看到遠處的火光快速的消熄，以為援軍全被消滅，一時清軍大驚，相互踐踏奔回城內。劉國軒早已派了勇士，著清軍服順便混入城中，再城中放火燒糧，火光沖天，海澄遂破，清將段應舉等自縊，三萬清軍投降。如此劉國軒僅以少數兵力與清軍的相持二、三年之久。
受修來館之影響明顯的例子有，一六七九年（永曆三十三、康熙十八年）八月亢宿鎮施明良與施世澤與閩浙總督姚啟聖有秘密的往來。施明良為琅姪兒原名施亥，投降明鄭改名為施明良，施世澤即施琅養子，原名施齊，施明良暗地與滿清閩浙總督姚啟聖交通。意圖將擒鄭經，而獻諸島，姚啟聖答應給予公爵之位。 因此施明良與施世澤二人刻意討好陳繩武、馮錫範，以致每日得以與鄭經親近。 姚啟聖又令明鄭之降兵二百人，復降於鄭，以為內應。施明良等竟日與鄭經混在一起，飲酒作樂，通宵達旦。劉國軒疑之，當面向鄭經提醒自古以來大奸似忠的道理，而鄭經並不接受。
不久施明良騙鄭經在沒有帶隨從的狀況下，至海口巡視潯尾，以便乘機將鄭經擒拿，渡海獻滿清。此事巧為劉國軒得知，只率二十員從者追趕，所幸及時趕到，劉國軒並沒有當場揭穿施明良的陰謀，沒有揭穿是因鄭經已墮入施明良的圈套中，不是口舌所能爭的，只將鄭經保護回廈門。
此事劉國軒，偵訊那二百詐降兵，又施明良的同夥傅為霖（請參閱ｐ75）為了保護自己，供出欲生擒鄭經而獻諸島給清方姚啟聖之原委，方握有施明良之謀叛証據。因此施明良與施世澤二人皆被殺。（二人被殺與施琅的復出有極大的關連，請參閱施琅攻台p72）
一六七八年（永曆三十二年、康熙十七年）劉國軒在鄭經連失五府之後，攻下沿海數十州堡，數敗清軍，取平和漳平，圍海澄達八十三日，清方陣亡有提督段應舉、總兵藍馬及清軍三萬餘，馬萬匹。東南大震（請參閱p58）。又圍漳州，取長泰、同安，再圍泉州並陷泉州屬邑。調泉州鄉勇充伍，並移鄉勇之眷口到台灣，如此可防止脫逃，又可增加生產。
鄭經對中提督劉國軒的戰績大加讚揚，晉封為平北將軍武平伯。
惟劉國軒身負托孤之重任，明知馮錫範有弒主的陰謀，只以託病為由（請參閱p71），而不排解遏阻，後人評為一介武夫耳。
馮錫範
鄭經死後一六八一年（永曆三十五年），受鄭經禮遇的懷安侯沈瑞 ，並將禮官鄭斌之女妻之，但因人口浩繁，所有糧米，養贍養不足，其母金太夫人屢出黃金兌換，或出元寶燒鏨，左右密告馮錫範。馮錫範因此認為沈瑞家富有，沈瑞當時年僅二十，借口與傅為霖通敵的罪名將沈瑞全家治死。禮官鄭斌得知，將其女即沈瑞夫人接回家，以免受株連，但她得知卻堅持返夫家不願獨存，返家之後見沈瑞之祖母、姑太夫人已經自縊而死，自已亦自縊而亡，其他人如沈瑞之妹、姊、三姑娘、于氏、李氏、崔氏等亦貞烈自縊。馮錫範又抄其家，搬盡所有而去。此為貪婪而殘忍，謀財害命。
在滿清意欲攻台前，一六七二年正月顏望忠、楊祥擬向外發展，向鄭經建議「願領兵船征呂宋，以廣地方」，但是馮錫範卻加以制止說：「呂宋乃黎國埠頭，其地並無所產，況年已納貢桅船，今若征之，有三失； 一。師出無名，有失遠人之心，二。殘擾地方，得之不足吾臂指。三。欲守之，有鞭長莫及之勢。況且在台灣年來安守，幸爾豐收，豈可妄興無益之兵。」
在汀州（請參閱ｐ57）耿精忠的守將劉應麟向鄭經投降，因馮錫範的愚蠢無知破壞了鄭耿合作反清。讓明鄭失去復國機會。
在施明良（請參閱p69）私通姚啟聖意圖擒鄭經渡海以得賞時，身為侍衛的馮錫範不但不能查覺陰謀，又不阻止鄭經冒險渡海，也不隨侍左右，有違侍衛之職。最後還是靠遠方的劉國軒到廈門救主。
東寧政變 錫範弒君 克塽即位
鄭經反攻大陸失敗，返回台灣，意志消沉，不理政事，溺於酒色，無復西意。見監國鄭克處分國事妥當，愈加放心，自此軍國事務皆交克裁決，並給與精兵三千由沈誠、毛興統之為護軍，宗族益憚監國而含恨愈深。
這時東寧王國分為二派人馬，一是留守派，以鄭克、陳永華等，另一是西征派，即是反攻大陸回台人員，以馮錫範、劉國軒等。西征敗歸要分享留守派的地盤。 馮錫範極妒忌陳永華掌握大權，又為事方正，因之設計而對陳永華說：「在西征上我沒有立下功勞，回來後仍佔據國家大位，覺得不妥，所以我將辭去職務，在家靜養以渡餘年。」 這話深深讓陳永華感動，既然最令人頭痛的一介武夫馮錫範都懂得要辭位，自己也應辭職。所以即向鄭經提出解除兵權的辭呈，鄭經不想批，但馮錫範卻大加讚同並說道：「永華勤勞數載，形神已焦！今欲乞休靜攝，情出於真，宜俯從之」。使得鄭經批准（一六八○年三月），並將陳永華所管轄全國最驍壯的部隊勇衛軍交由劉國軒，馮錫範仍然擔任職待衛並不辭職。 馮錫範見陳永華上當後，進一步即向監國鄭克下手。劉國軒本非奸邪之徒，但馮錫範之父馮澄世（請參閱ｐ20）對劉國軒曾有提拔之恩，故劉國軒拜馮澄世為義父，這層密切的關係使劉國軒失去了正義，也遺忘了托孤的使命，促使馮錫範的弒君。
陳永華後來發覺是受到馮錫範之騙，但為時已晚，悔恨不已。不久陳永華抑鬱而死。與夫人合葬天興州赤山堡大潭山，即今台南縣柳營鄉果毅後。
鄭經從反攻大陸七年無成，徒勞無功，也不勝感慨，萬念俱灰，只有縱情享樂，已致身體虛弱。病因是痔瘡暴脹，大腸緊閉，醫療無效，克日夜侍側，衣不解帶，督視湯藥。不久病亡，一六八一年三月十六日（農歷正月二十八日寅時），時年三十九與其父同。病危時授克劍印，指著克托孤於劉國軒。在位凡十九年。
鄭克立為監國（請參閱p64）後，為人英明果斷，頗有父鄭成功之氣勢，對鄭經諸弟聰、明、智、柔，也就是克的叔叔們，在台恃勢欺壓橫行，強佔民田，克不肯循私縱容，守正不阿。
所以上至董國太、下及鎮將兵民抱以熱烈的支持。
鄭經的猝死，王位的繼承順理成章應由長子鄭克即位，可是馮錫範出來反對，硬是說克非長子而是螟蛉子，應由年僅十二歲的鄭克塽即位，而克塽是馮錫範之女婿。由鄭聰、鄭明諸叔向董太夫人造謠，說盡克的不是，太夫人欲見劉國軒、馮錫範，而國軒以有病未赴約。於是董太夫人下令召見克。
監國鄭克不疑有他，在入門時將克的隨從護衛毛興、沈誠擋在門外，就在克進入董太夫人府內尚未見到其祖母時，即被馮錫範設下的謀殺國君圈套，由馮錫範隨協蔡添一刀剌入克腹中，再由鄭聰、鄭明、鄭智、鄭柔四位叔叔以木棒打死（一六八一年正月三十日）時年十八，與其父鄭經病亡只差二天。這是三國時何進被十常侍所殺的翻版。
董太夫人得知愛孫被弒為時已晚。於是一場篡位改立年僅十二的鄭克塽即位（二月一日）。 監國遇害三天後，監國夫人 懷有身孕也貞烈自縊 。 如此一個家五天死了三位半，悲慘至極。
董國太以長孫監國克是因召見而死于非命，間接促成殺孫，怨歎鬱卒不已，到六月十六日亦亡。
陳永華之侄兒陳繩武也遭到錫範的排擠，六月就革去職位。從此國事全由馮錫範主持。
馮錫範立克塽後，自以擁立有功，表封為忠誠伯。仍管侍衛，兼參贊軍機。弒君之鄭聰為輔政公，然而資才庸懦，事少決斷，惟馮錫範是聽。鄭明、鄭智為左右武驤將軍。又將「克螟蛉難嗣大位」的文書通告四方。如此民心、軍心盡喪。
在台灣的滿清奸細得知，即向福州的喇哈達、姚啟聖、萬正色等報告「鄭經已死，諸弟謀殺克，權奸馮錫範立其婿克塽嗣位。叔侄相猜，文武解體，主幼國疑，機不可失。」 如此喇哈達等認為在台灣一旦軍人攫奪政權，會導致東寧內部的不安與人心的危疑，因此視為攻台的最佳時機，就這樣引來大軍攻台。
施琅攻台
閩浙總督姚啟聖在黃芳世死後，水師提督懸缺，必須要一位有才華的人來擔任，查歷任水師俱有將才者，發現在京為內大臣的施琅是一位人材，所以三度向清帝推薦施琅為水師提督。但是清廷對施琅的忠誠未能信服，因而沒有採納。在此期間清廷指派王之鼎、萬正色等為水師提督，直到施琅之姪施明良（請參閱p69）與養子施齊（後改名為施世澤）因陰謀挾持鄭經降清之計敗露，二人皆被斬後，清康熙帝方認為施琅與明鄭無瓜葛，才有復出的機會。
一六八一年（永曆三十五年、康熙二十年）五月閩浙總督姚啟聖認為是攻台最佳時間，因台灣鄭經病亡，內部政爭克被弒，主年幼，上下猜忌。此時姚啟聖第四度推薦施琅，姚啟聖之大力推薦主要原因是施琅將受其統轄，所以出征時，自己為主帥隨軍督戰，施琅為主將負責戰役，若戰勝則自己將得首功。
在一六八一年（康熙二十年）七月二十八日康熙下令「施琅出任水師提督、萬正色改任陸路提督」。十月初六施琅抵閩就任福建水師提都。
施琅到任後得知鄭氏政局不穩至極，只要稍加施力即可摧毀。進攻台灣應先取澎湖，取澎湖應由在南方的八罩島（今望安島）向北方的媽宮（馬公）進兵，所以必乘南風為宜。況且在一六六五年第一次攻台（請參閱p40）時乘北風率軍東指，途遇狂風，船隻受損，無功而返，這是讓施琅失去信任的重要理由，然後就冷凍十七年。
不久施琅即與上司兼推薦恩人姚啟聖發生衝突，衝突之因是施琅不願受制。 此時姚啟聖主張乘北風攻澎湖，因媽宮（馬公）之南無可泊船之處，而北方有許多島嶼可供停泊，所以由北方南下至媽宮，如此進退有據則勝仗可期。
次年（一六八二年）二月事有湊巧，在北京的翰林學士李光地（李光第），他是福建人，因請假送母回到福建興化黃石。施琅把握此機會與李翰林學士密議詳談，三月時經由李光地，施琅再度上書康熙皇帝此次為秘密進行，惟恐讓姚啟聖知道。書中說明北風不可用，又說姚啟聖是「生長北方，雖有經緯全才，汪洋巨浪之中，恐非所長」，建議由施琅「專統前進」。 當然將自已忠清之心，表達得淋漓盡致，同時也數落提拔的恩人姚啟聖，說他是不識水性，每次登船，就嘔吐頭暈，舉步艱辛。 五月施琅見船隻已齊備，準備乘南風東進，而姚啟聖堅持等北風來時出兵。為此雙方爭執表面化，因此延緩攻台時間。 七月施琅在閱讀邸報中發現有「提督稱南風不如北風」的句子，一時驚愕，原來姚啟聖也向皇帝上書。因此立刻提筆，再次上書。這次強調，南風是風輕浪平，將士無暈眩之患；並提及在一六六三年（康熙二年）再度攻陷廈門（請參閱ｐ39）之功勞。又說現年六十有二，若再加數年則將老而無能為。更恐後繼無人，同時也要求獨任的兵權。
十月二十日及十月二十八日清康熙皇帝下聖旨：
「進剿海寇，關係緊要。著該督、撫同心協力催趲糧餉，勿致遲疑。前姚啟聖具題功罪定例，交與施琅遵行…施琅相機自行進剿，極為合宜。」如此施琅取得攻台的專任獨佔權，也就是說將姚啟聖擺一邊。
聖旨到時，氣候已進入北風的冬季，攻台時間不得不再度延期。
雖然皇帝命令閩浙總督姚啟聖停止行動。但姚啟聖得知施琅對他射出暗箭，就改變策略想以「招撫」取代「戰爭」以免施琅奪得全功。
一六八二年十二月派遣黃朝用（請參閱ｐ66第十次的和議、招撫）到台灣向東寧王朝招撫，以「不剃髮，只稱臣納貢，照朝鮮事例。」為條件。黃朝用知劉國軒、馮錫範等以推拖無意和議，於是想回福州，此時東寧王朝派出天興州知林良瑞（林珩）與黃朝用一起先到金門之遼羅，欲見在廈門之施琅，而施琅拒之。於是再到福州面見姚啟聖。姚啟聖、喇哈達、金鋐等對東寧來使相當禮遇，並知會施琅一起來開會。當然姚啟聖將康熙皇帝的剿撫旨意解釋為以招撫為優先。 施琅並不來開會，回覆說「奉旨專征，撫不敢主。如有真誠向化，當必遵制削髮」。這樣二人意見不合，一撫一剿，各說各話，因此滿清與東寧和議未成。
一六八三年（永曆三十七年、康熙二十二年）七月八日（農歷六月十四日辰時），施琅率二萬多兵士及六百多艘戰船，從銅山出兵，進攻彭湖。 台灣方面由劉國軒統領鄭氏的部眾與東寧的水師，人數船隻均少。但在風櫃尾、四角山、雞籠嶼、牛心灣、虎井、桶盤嶼、媽祖宮各築炮台一座，東峙、西峙、內外塹各築砲台二座。
施琅對劉國軒的守備軍力的評估是「澎湖新舊炮船、鳥船、趕繒雙帆等船，共計有一百二十隻左右。劉國軒、林陞、江欽等共賊眾六千餘，內有家眷舊賊約二千名，其餘俱係無眷口新附之眾，私相偶語，提督不嗜殺人，只等大軍到，便瓦解歸順。」
英國人對此海戰其紀錄是： 鄭方海軍僅有四、五十艘戰船，糧食給與缺乏。
六月十五日晚清船停泊於八罩島（今望安島），十六日黎明清軍從南往北攻，當時正值南風季節，清軍居上風上流，施琅攻媽宮，被劉國軒射中右眼，並幾乎被生擒。六月十七日，清軍全部退回八罩島。十八日清軍進取虎井、桶盤兩小島。二十、二十一日，施琅故意用「老弱驕兵之計」，又令將領軍諸將姓名以大字寫在船帆上，以便遠處監視、觀察各將領的動向，又以東寧水師船少，故採用以眾擊寡的「五梅花陣」即是五艦結為一隊攻東寧的一艦。
六月二十二日，施琅將其水師分配為左、右兩翼及中央部隊，左右翼各有五十隻船，中央有大船五十六艘分為八股，每股七艘，分為三疊，二船為一疊，指揮船居中。尚有後援部隊計八十艘船，攻擊開始清軍皆以三疊為前進。一股攻蒔裡，直奪雞籠嶼、四角嶼; 一股直入牛心灣，奪砲台，中央五十六艘直撲媽宮。劉國軒亦下令在媽宮港內所有船隻前往迎敵。初台灣水師，略勝，清軍平陽總兵朱天貴戰死，海壇總兵林賢、興化總兵吳英皆傷。 施琅改變陣式取消分股戰，改為包圍戰，以多勝少。鄭軍呈劣勢，副提督江勝、左衛邱輝皆戰死，其他四十一名台灣將領陣亡，一百五十五名軍官投降，一百多艘戰艦全沈，四千八百名士兵投降。劉國軒在吼門淺礁無人防守之處，水漲風順衝險而出逃回台灣。 清軍損失卻是輕微，戰死三百二十九人，負傷一千八百名。
施琅善用心機，他發衣服與糧食給降兵，又醫治傷兵，對想回台灣的降兵，一律放行，並發榜安民，免三年賦稅和差役。消息傳到台灣，東寧軍民之士氣頓時瓦解。
施琅不惜以斬絕鄭氏遺脈，斷送明室復起之望，達到他復仇的目的，此時他也忘了是漢民族之一員。
姚啟聖於六月十四日在銅山送施琅後，沒有幾日就傳來澎湖大捷，十分後悔當時不應該聽從林寶的意見，林寶認為六月是有不測的颶風，澎湖山低矮難攻。所以沒有同施琅一起出征。
風雨聲中的東寧王朝
馮錫範弒君，倒行逆施，權門樹黨，東寧王朝日趨分散。此時傅為霖 欲再度降清，他在一六六二年原追隨鄭泰之子鄭纘緒投降滿清，為滿清之湘江通判，後革職歸。在一六七四年（永曆二十八年）鄭經反攻大陸時，他又歸順鄭經，鄭經待他甚親，授以為賓客司。他曾在施明良（請參閱P69）、施世澤案中，設計預謀生擒鄭經，為求自保而告密自首，此時又起來活動。 他與陳典煇密謀，將願為滿清之內應，訊息傳至清閩浙總督姚啟聖。姚啟聖認為傅為霖是文官，若要舉國來降是有困難的，所以運萬兩銀交與傅為霖，用為收買掌有兵符之東寧將領。如此傅為霖得以結納蔡愷、朱友、高壽等將領共同謀叛，計畫在清攻台時，劉國軒將率兵至澎湖時，發動兵變。 所幸朱友 將此秘謀向鄭克塽報告：「為霖、高壽、蔡愷、陳榮等私受姚總督銀劄，買散人心，不日匆師到澎，為霖等即為內應」。 如此將叛變之事全盤供出。 東寧立即搜索，得到傅為霖寫書給姚啟聖之信件：「澎湖無備，可速督兵前來，一鼓可得。若得澎湖，台灣即虛，便當起兵相應。」
因此傅為霖及其黨羽皆被斬，消除了一次可能的叛亂。但此案引起另一插曲，即馮錫範為一已之私，將懷安侯沈瑞 （請參閱p69） 也捲入。
又馮錫範在施琅犯台前夕，派令資歷甚淺的李茂為副總督，而其統轄之蔡文、鄭仁、黃良驥、沈誠均不滿。此事馮錫範聞知部將不滿，反而更提昇李茂為左先鋒，以示鎮壓，兵情緊急，竟以氣勢凌辱宿將。如此軍心如何能有鬥志。雖有何祐厭惡馮錫範的弄權，曾計劃謀剌馮錫範，奈何未得機會。
此時又有清寧海將軍喇哈達送達台灣的召降書，使得軍心、民心渙散。
「…方今鄭經已伏冥誅，而嫡庶爭立，奸黨竊權。此內亂方深，揆之天時、人事兩端，不可不為敗亡之兆…不日東征，勢如破竹，正爾民出力報效之時…斬巨魁而獻馘，操舟納款，率眾輸誠，本將軍更當分別具疏題請，從優錄用…」
一六八○年五月恐清軍來襲，乃藉文武官田甲與百姓之壯丁，每十人抽一人，訓練自衛。如此得兵三千有餘。但街市商民則十家共出一丁，每名折價徵銀一百兩。貧富不均，人民怨聲四起。
一六八三年二月台灣米價大貴，人民飢餓而死甚多。
(待續)
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